Este Juzgado se creó mediante Ley de 24 de noviembre de 1938, que nació según su exposición de motivos por "exigencias de la guerra".

Hasta la reforma del año 1977 la competencia para el castigo de los delitos monetarios correspondió a este Juzgado especial, una institución jurídica anacrónica y discutida dentro del sistema jurídico español.

Exigencias tan elementales en la Administración de Justicia como el sometimiento a unas reglas de proceso y la publicidad de las actuaciones no regían frente al Juzgado de Delitos monetarios. De hecho, la Ley concedió a este Juzgado "libertad procesal absoluta", libertad que fue utilizada para crear un proceso inquisitivo y secreto. Además, la Ley de delitos monetarios estableció como Ley supletoria la de Enjuiciamiento criminal.

La reforma realizada por el Real Decreto Ley de 4 de enero de 1977 suprimió como jurisdicción especial el Juzgado de Delitos Monetarios a partir del 15 de febrero de 1977. Sus competencias y facultades se trasladaron a la jurisdicción ordinaria constituyéndose el Juzgado Central de Instrucción número 3 de la Audiencia Nacional.