El monasterio fue fundado por Alonso Vázquez de Acuña, descendiente de los condes de Ureña y futuros duques de Osuna. La hermana de Alonso fue la primera abadesa, nombrada a perpetuidad.

Poco después de la fundación se trasladó la comunidad a otro edificio. Lo hacen en 1603 y por ser la casa muy incómoda para habitarla.

El monasterio resiste en esta ubicación hasta llegado el siglo XIX. En 1836, con las exclaustraciones aplicadas por el gobierno el año anterior, el Monasterio de Santa Ana, de la misma orden y que después se trasladarían a un nuevo convento conocido como Abadía del Cister de Málaga, sería suprimido. Sus religiosas se instalan en San Bernardo que se había salvado en esta ocasión.

El 1868 sería el convento de San Bernardo el afectado por las nuevas leyes de exclaustración. Junto al vecino convento de Santa Clara, serían incluidos sus terrenos en el nuevo plan urbanístico para la ciudad de Málaga. Su situación céntrica y la crisis laboral que afectaba a la ciudad aceleraron el proceso de supresión de la comunidad religiosa así como la rápida demolición, venta y construcción sobre el solar.

El mismo año de 1868 fue derruido el conjunto y sobre él se levantaron viviendas particulares además de incluirlo en el plan municipal de traída de aguas.

Según diversas fuentes las mojas de San Bernardo se instalaron en este momento en la Abadía del Cister de Málaga. Alli permanecerían unidas a su nueva comunidad hasta la disolución de esta casa ya en 2009.