La comunidad de monjas cistercienses procedente del Monasterio de Santa María de Escobar de Torquemada, en la provincia de Palencia, se había visto obligada a abandonar la antigua casa por el estado lamentable en el que se encontraba.

Deciden instalarse en la ciudad de Palencia adquiriendo un convento de carmelitas descalzas que había sido fundado por Teresa de Jesús en 1580. La casa permaneció abandonada desde 1581 hasta 1592 cuando las cistercienses la compran.

Encontraron enormes dificultades para llevar a cabo el traslado por la oposición del Cabildo de la ciudad de Palencia. El conflicto surge a la hora de determinar la aportación que debía hacer la comunidad cisterciense a esta autoridad si quieren mudarse a la ciudad. Tras largos meses de disputas se instalan en el convento en diciembre de 1592.

Los conflictos con las autoridades religiosas de la ciudad durarán años. Apenas reciben apoyos lo que provocará una vida de pobreza que llegará hasta el cierre del convento en el siglo XX.

A principios del siglo XVII se plantean un nuevo traslado a Medina de Rioseco, llegando a obtener los permisos de Ana de Austria, abadesa perpetua de Santa María de las Huelgas de Burgos. En cualquier caso, finalmente deciden mantener su comunidad en Palencia.

Resisten con dificultades pero siguiendo con la obediencia a su orden hasta entrado el siglo XIX. Los decretos de exclaustración de Mendizabal no llegaron a obligarlas a abandonar la casa pero si lo harían los decretos de 1868.

Durante un tiempo se marchan y se instalan en otra casa de religiosas pero en 1872 y debido a que el antiguo edificio no ha encontrado un nuevo propietario, los representantes del gobierno permiten a las monjas cistercienses regresar.

Entrado ya el siglo XX y debido al estado en el que se encuentra el convento, las ocho religiosas que aun resisten se deciden a trasladarse, ya de forma definitiva, al monasterio de San Andrés del Arroyo. Sería el 14 de septiembre de 1938 cuando cierra sus puertas el convento de San Bernardo de Palencia.