En 1593, los monjes basilios se instalan en la antigua Ermita de la Virgen de Guadalupe de Valladolid.

Llevaban varios años buscando casa y ocupando diferentes ermitas hasta establecerse en esta.

Cobró mucha importancia la ermita pero los monjes seguían buscando un lugar mejor ya que querían estar más cerca de la ciudad.

Deciden entonces ocupar, practicamente por la fuerza, la Ermita de los Santos Mártires San Cosme y San Damián. Debieron enfrentarse a la Cofradía de los Santos Mártires que pertenecía a la ermita pero, en cualquier caso, acabaron por cederles el templo junto con una casa sobre la que levantaron el convento y al que llevaron una imagen de la Virgen de Guadalupe que custodiaban.

En el año 1636 hubo una gran inundación que afectó notablemente a la ciudad. Igual que otros muchos edificios, tanto la iglesia como el convento basilio quedaron praticamente destruidos. A pesar de todo consiguieron edificar una nueva iglesia que se acabaría en 1773 y restaurar el convento en el que seguirían residiendo hasta la invasión francesa durante la Guerra de Independencia.

Sería en 1812 cuando su convento e iglesia quedaron desmantelados e inhabitables lo que llevó a los monjes a instalarse dentro de la ciudad, en la llamada Casa de la Cadena, en la que permanecerían hasta la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal en el año 1835.

Durante siglos, los monjes basilios de Valladolid trataron de buscar una residencia dentro de la propia ciudad. A pesar de habitar en la Ermita de San Cosme y San Damián, llegaron a comprar el antiguo Colegio de Doncellas de Valladolid, también conocido como Colegio de los Daza, por ser esta familia la que fundó y mantuvo la institución hasta que se decretara su cierre por mal estado en 1726.

El colegio se trasladaría a otra ubicación y el antiguo solar fue comprado por los monjes basilios para fundar el nuevo convento.

Llegaron a realizar obras de restauración que acabaron en 1740 pero en el momento del traslado, cuando intentaron llevarse las reliquias de la antigua ermita de San Cosme y San Damián, se encontraron con el absoluto rechado de la Cofradía de los Santos Mártires.

Ya habían tenido problemas cuando los monjes tomaron la ermita sin su consentimiento y aunque, en aquella ocasión la cofradía había terminado por ceder, en este caso se opusieron totalmente.

Este fue el motivo por el que la comunidad religiosa decidió no trasladarse y por lo que el antiguo colegio ya restaurado quedó en posesión de la orden pero únicamente como hospedería.

Así perduraría hasta la misma aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal de 1835.