Los primeros documentos pertenecientes al monasterio de San Xoan de Cova son de 1362. No hay información anterior que nos indique el año de fundación de la casa.

A partir de este momento se sabe que se trataba de un monasterio pequeño, de tradición familiar, hecho muy común en la rama femenina de la orden benedictina en Galicia.

Durante los siglos XIV y XV se planteaban muchos problemas para los monasterios de la zona, incluido en de San Xoan, ya que los señores se apropiaban de las rentas y los cotos de los religiosos. En el caso de este monasterio existen pruebas de enfrentamientos y quejas formales contra el marqués de Astorga, quien tenía la intención de apropiarse de los bienes de San Xoan.

A estos problemas se añadía el abandono de la obediencia a la regla. La vida de las religiosas era relajada y apenas obedecían al celibato o la clausura. Las abadesas las designaba la propia familia titular del monasterio, casi nunca la orden, por lo que respondían a intereses económicos que solían traducirse en el expolio de los bienes muebles y a un tipo de vida que empezó a suponer un verdadero problema a finales del siglo XV.

Se llegó a tal extremo que hasta los Reyes Católicos tomaron cartas en el asunto y favorecieron, a través de la obtención de bulas papales, la reforma de la orden benedictina que nacería en el Monasterio de San Benito en Valladolid.

A patir de ese monento, 1498 y 1499, el Monasterio de San Xoan lucha contra el intento de los reformadores, Rodrigo de Valencia en primer término, y Pedro de Nájera, al final del proceso, de hacerse cargo de la comunidad y sus bienes.

Su abadesa se negaría durante años a ceder el gobierno de la casa apoyada por los intereses de la nobleza que no querían perder ni las rentas ni su influencia. Para contrarrestar esta oposición, los Reyes Católicos envían reales cédulas en el año 1500 dirigidas a los obispos gallegos para que no pongan impedimentos a la reforma. En estas cédulas se incluye especificamente el caso de San Xoan de Coba.

La abadesa aún se enfrentaría a las órdenes de los reyes presentando una queja ante el Papa en Roma pero ante la falta de respuesta y la fuerza e insistencia de los reformadores acaba por renunciar al cargo y cede el monasterio.

Aceptarían el traslado de las religiosas al Monasterio de San Pelayo de Antealtares en Santiago de Compostela y les entregarían, además, los bienes del antiguo monasterio.

Así, el monasterio de Coba quedaría vació y abandonado desapareciendo con los años.

Permanecería en pie su iglesia del siglo XIII que, en 1952, sería declarada Bien de Interés Cultural con lo que se evitó su derribo durante la construcción del embalse de Os Peares. Fue finalemente trasladada, piedra por piedra, a un nuevo emplazamiento dentro del mismo municipio de Carballedo.