Santa Brígida, antes de ser convento, funcionó como casa de beneficiencia en la que se recogía y atendía a pobres y enfermos. Se ocupaba de hacerlo la orden de San Lázaro aunque abandonarían el hospital a mediados del siglo XV pasando a convertirse en propiedad del ayuntamiento de la ciudad.

La intención de esta institución era convertir el edificio en convento pero este cambio no estuvo exento de polémicas y pleitos, debido a la oposición que mostraron los pueblos de la jurisdicción contra el ayuntamiento de Vitoria respecto a la propiedad de la casa.

Estos se resolvieron definitivamente en el año 1582 cuando el Papa Gregorio XIII dictó una bula dando licencia para transformar la antigua casa en convento de religiosas.

En 1582, tras las correspodientes obras de adecuación, se convirtió definitivamente en convento bajo la advocación de Santa María de la Magadalena y en él se instaló una comunidad de carmelitas descalzas. Ocuparían la casa hasta 1651 cuando lo abandonaron tras un conflicto con el propio ayuntamiento.

La causa surgió cuando los padres carmelitas quisieron instalarse en el convento de San Antonio de la misma ciudad. Al no lograrlo, ya que se favoreció a los franciscanos, las religiosas de la Magdalena protestaron marchándose de Vitoria en una madrugada del año 1651. El ayuntamiento reaccionó y obligó a las carmelitas a regresar a Vitoria. Estarían en la Magdalena durante un años más hasta que pudieron abandonar el convento.

Después llegarían las monjas de la orden de Santa Brígida. Se instalan en el año 1653 y permanecerá esta misma comunidad hasta el año 2008.

Durante estos casi cuatro siglos el convento vivió diferentes episodios reseñables:

En 1784, el urbanista que había renovado la ciudad de Vitoria, Justo Olaguibel, se hace cargo de construir una nueva fachada del convento.

En 1835, durante la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal el convento consigue resisitir gracias a que el patronazgo y propiedad eran del Ayuntamiento de Vitoria que les permitió mantenerse allí.

En 1906 se verían obligadas a abandonar su residencia. La construcción de la nueva catedral de la ciudad ocuparía parte de la finca. Las religiosas son instaladas en una nueva casa hasta la que se lleva, piedra a piedra,la fachada hecha por Olaguibel.

Su nueva ubicación en la calle Vicente Goicoechea ha resistido hasta el año 2008 cuando la avanzada edad de las pocas religiosas que ocupaban el convento obligó al obispado titular a cerrar la casa.