En el año 1604 se funda la Abadía de Santa Ana de Málaga sobre el antiguo Convento de Jesús y María, junto a la parroquia de San Juan, en unas casas compradas por el obispo de la ciudad para acoger a las religiosas.

En esta ubicación permanecen hasta 1610 cuando se trasladan a la calle de Almacenes. Aquí vivirían durante sólo siete años.

Ya en 1617 cambian nuevamente de ubicación y las religioss pasan a unas casas en la Plazuela del Conde que llegaría a ser conocida como del Cister.

Aquí resisten hasta el siglo XIX, cuando la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal de 1835 las obliga a abandonar la residencia para que pudieran llevarse a cabo obras de mejora en la misma calle del convento. Durante los siguientes diecisiete años se instalan en el Convento de San Bernardo. Sería la reina Isabel II quien autorizara el regreso de las monjas cistercienses a su convento que había sufrido importantes daños durante las obras. Lo reforman y reconstruyen.

La revolución de 1868 volvió a afectarlas. En 1873 fueron expulsadas y el edificio acabó siendo demolido ese mismo año.

Para 1878, bajo los planos de Jerónimo Cuervo, ya habían conseguido levantar una nueva casa en el mismo lugar en el que había estado aunque de menores dimensiones.

Una de las especiales características de este convento, aparte de los continuos cambios de residencia, serían los conflictos entre dos ramas dentro de la misma comunidad.

En 1632 surgen los primeros problemas entre las religiosas cuyo origen es el pago o no de dote para ingresar en el convento. En esta época habían ampliado el número de plazas de ingreso pasando de doce a veinticinco. Las primeras doce no debían pagar dote pero a partir de ahí hasta completar las plazas si estaban obligadas a pagar (establecieron una diferenciación entre las plaza de fundación y el resto). Esta decisión conllevó problemas que llegaron a afectar a la elección de la abadesa y su buen gobierno.

Las diferencias fueron tales que la propia comunidad solicitó al obispo de Málaga que autorizara una separación formal de los dos grupos.

Sería el siguiente obispo de Málaga, Alonso de la Cueva y Carrillo, quien acordaría la separación. Buscó una nueva casa para uno de los grupos de monjas en la calle Compañía, en el antiguo convento de las agustinas recoletas.

Durante algunos años, ya en 1810, las dos comunidades volvieron a reunirse debido a la orden de los franceses durante su ocupación de la ciudad en la Guerra de Independencia. Tras la expulsión de los franceses cada comunidad pudo regresar a su propio convento.

Ya en el siglo XX, en la década de los noventa, el antiguo edificio sería restaurado y nuevamente ampliado.

Siguió estando ocupado por religiosas hasta 2009 cuando la avanzada edad de las monjas de una reducida comunidad obligaría a las instituciones eclesiásticas a clausurar el convento.