El convento se funda en 1484 gracias a Diego Fernández de Úbeda, cura de la capilla de San Pedro. Por este hecho se las comenzó a llamar Beatas de San Pedro. Durante esos años iniciales no pertenecían a ninguna orden ni procesaban bajo ninguna regla.

En 1628, Alvaro de Vilegas, doctor y canónigo de la Magistral, deja en herencia sus bienes a la comunida de beatas con la condición de que hagan una fundación sometiéndose a la orden de San Benito. Las religiosas aceptan las condiciones con lo que dos años después el Cardenal de Toledo les concede los permisos. Pasan a ser una comunidad de monjas benedictinas.

Años más tarde, y debido a las condiciones de pobreza en las que viven las monjas, una vecina de Toledo, Andrea de Briones y Ayala, decide invertir su propia fortuna para ayudar a la comunidad a la vez que ella misma ingresa en el convento. Con su patrimonio se construye la iglesia y las partes del convento que se acoplarían en unas casas nuevas que tambien se adquieren.

Es en este momento cuando cambia la advovcación de la casa pasando a ser el Convento de Purísima Concepción de María, circunstancia que se da para satisfacer el deseo de la bienhechora Andrea de Briones.

Como en tantos casos, la vida de la comunidad permanece tranquila hasta la entrada del siglo XIX. La invasión francesa durante la Guerra de Independencia obliga a las hermanas a abandonar el convento.

Al poco de regresar se enfrentaron con los decretos de exclaustración de Mendizabal. Aunque en este caso pudieron permanecer en su residencia si que perdieron la mayor parte de sus bienes y patrimonio.

Tras enfrentarse a estos problemas volvieron a disfrutar de una buena época cuando una mujer de la clase alta de Toledo decide ingresar en el convento. Como ya ocurrió con Andrea de Briones, los ingresos aportados por la nueva religiosa les permitieron ampliar su solar comprando un terreno cercano en el que montaron la huerta.

Hasta la Guerra Civil no hay mayores problemas pero con los movimientos milicianos en la ciudad de Toledo las monjas benedictinas, junto con las jerónimas, de las que son vecinas, son detenidas y enviadas después a Madrid.

Acabada la guerra regresan al convento que por fortuna no ha sufrido grandes daños.

Desde ese momento han desarrollado diferentes trabajos para mantenerse como comunidad en la misma casa. Desde tareas de corte y confección para prendas para el culto hasta la apertura de una residencia de estudiantes que existe y funciona en la actualidad.

Resolución de 8 de noviembre de 1996, de la Dirección General de Cultura de la Consejería de Educación y Cultura, por la que se incoa expediente para declarar bien de interés cultural, con categoría de monumento, el inmueble correspondiente al convento de la Concepción Benedictina y de San Pablo, localizado en Toledo.