Según cronistas de la Orden e historiadores de la ciudad, el 9 de noviembre de 1577, llegaron a Pamplona los primeros jesuitas, a predicar los sermones del Adviento, causando gran impresión con su oratoria. Tanto que, un caballero navarro ,Juan Piñeiro de Elío, militar que había luchado en Italia con el grado de Maestre de Campo, conoció a los padres de la Compañía de Jesús y les ofreció una casa de su propiedad en la Calle del Alfériz (actual calle Compañía) y señaló para el mantenimiento de la residencia una renta anual de 500 ducados.

En esta casa moraron los primeros Jesuitas que vinieron a fundar el convento en Pamplona, así el 29 de abril de 1580 quedó canónicamente establecida la Compañía. Pero, la llegada de los padres Jesuitas a Pamplona provocó una serie de protestas, roces, por parte de la ciudadanía y de las otras Órdenes, ya establecidas en la ciudad.

El primer Estudio abierto por los Jesuitas tuvo tanto éxito y provocó tantos enconos y protestas, que los Padres se vieron obligados a cerrarlo. Pero unos años después el propio cabildo reflexionaría sobre la labor e influencia positiva de los Padres jesuitas en la educación de los jóvenes, llegando a realizar un convenio con la Compañía para que reabriera el Colegio.

Bajo patronato de la Ciudad, se abre un Estudio de Gramática, Latín, Filosofía y Teología. Que se llamaría Colegio de la Anunciata. Este fue edificado en 1598 y persistió con su actividad hasta que, Carlos III decretara la expulsión de los Jesuitas de España.

Los estudios se organizaban por edades en cuatro secciones, de riguroso escalafón, que denominaban General de Mínimos, de Menores, de Medianos y de Mayores. En el curso 1668-1669 todos aquellos estudiantes gramáticos se distribuían así y en este curso, según fuentes, ya asistían a clase más de 400 alumnos.

A parte de la labor formativa, educativa y apostólica que llevaron a cabo los jesuitas de Pamplona, hay que destacar su labor creadora y editora. Contaban con una importante biblioteca, donde editaron, transcribieron y encuadernaron un gran número de obras no sólo para el estudio sino, también para la venta. Para ello contaron con el apoyo de los impresores de Pamplona.

Tras la expulsión de los jesuitas del Colegio y por orden real, este se destina a Seminario Episcopal en el año 1782. En el siglo XIX será utilizado como cuartel de Infantería, llamado Cuartel de la Compañía. Más tarde se instalaron en él escuelas públicas, también llamadas, Escuelas de la Compañía, que funcionaron en este viejo caserón hasta, 1954 en que se trasladaron al entonces nuevo y contiguo grupo escolar construido en la Plaza de la Compañía. Posteriormente el antiguo edificio fue utilizado como almacén de los Gigantes y Cabezudos de Pamplona, Laboratorio Municipal y hasta Perrera.

Las escuelas públicas contiguas fueron demolidas dando paso de nuevo a la Plaza de la Compañía, con un aparcamiento subterráneo, y el viejo edifico, totalmente restaurado y acondicionado, pasó a ocupar desde el año 1984 la Escuela Oficial de Idiomas.

En el AHN de Madrid se custodia documentación del Colegio procedente del propio colegio y de la Junta de Temporalidades, encargada de administrar los bienes del mismo durante la supresión de la Compañía de Jesús.