Es el segundo Colegio que se abre por la Compañía en la ciudad de Santiago de Compostela. En 1577 se funda este Colegio Jesuita por iniciativa del arzobispo D. Francisco Blanco. Este, no sólo reclamó la presencia de la orden en la ciudad, sino que, además, adquirió para la misma, concretamente en 1578, el antiguo convento de franciscanas de Santa María a Nova, ello permitió disponer a los jesuitas, desde casi su llegada a Compostela, de un edificio conventual y de una iglesia medieval.

El convento es renovado y ampliado muy pronto. De hecho, en 1580, el Rector envía a Roma las trazas del colegio para su supervisión y en 1587 da comienzo la obra.

Esta se inicia por el pabellón destinado a vivienda, encargándose de la misma Andrés Zorlado. El claustro y las dependencias anexas a él, aulas de Filosofía y Teología y biblioteca se levantaron en etapas sucesivas, encargándose de su construcción los distintos arquitectos a lo largo de sesenta años que conlleva su construcción; Benito González de Araujo(1608), Bartolomé Fernández Lechuga(1636) Y Melchor de Velasco(1667).

Estas dependencias del colegio y convento no se conservan al haber sido derruidas cuando el edificio, tras la expulsión de los jesuitas, fue cedido a la Universidad.

La iglesia medieval, asociada al Colegio en cambio, fue utilizada hasta muy avanzado el siglo XVII.

Con las expulsión de los jesuitas del Colegio-convento pasó a ser sede universitaria. El paso del tiempo y de estilos arquitectónicos y artísticos ha alejado al complejo de su fisonomía original.