Desde 1704, se constata la presencia de jesuitas en Baena, a raíz de estas primeras misiones, el Cabildo de la ciudad, procuraba una fundación de la Compañía de Jesús. En 1711 el sacerdote Martín Álvarez de la Chica, dejó sus bienes para la construcción de un futuro colegio, que contaría con cinco cátedras. Pero el proyecto no se materializaría hasta 1740, año en que se instalaron los jesuitas en unas casas de la calle Mesones de Baena. Contaron con una Cátedra de Teología Moral, una de Gramática y un aula de primeras letras. Destacando como escuela de Latín. Además de su labor formativa y cultural, los Jesuitas realizaban los ministerios propios de la Compañía, como misiones populares, ejercicios espirituales, predicación, confesión y acompañamiento espiritual. En 1767, como motivo del Decreto de Expulsión, cesan su actividad, entonces contaba con un ludimagistri. No hemos podido documentar con exactitud el nombre del Colegio, pues en algunos trabajos consultados se dice: Colegio de la Santísima Trinidad y en otros se habla del Colegio de Santiago.

En la actual calle Mesones de Baena, se localiza la conocida Casa de la Condesa, edificio del S.XVII donde cronistas e investigadores ubican a esta antiguo Colegio.