La fundación del Colegio de la Compañía en San Sebastián se produce, por iniciativa de la propia ciudad. Los regidores hacen cesión, en 1619, de la basílica de Santa Ana para que en este lugar se levantasen la casa, capilla y la escuela.En principio se ocuparían de una escuela de niños. Pero la instalación no se haría efectiva hasta 1627, pues chocaron con la oposición de otras Órdenes religiosas, ya establecidas en la ciudad, así como del clero secular, que movilizaron a la población en contra de los jesuitas, consiguiendo que los regidores anularan la concesión dada. Esto provocaría que el General de la Orden retirara a los religiosos y desalojasen las casas. En los años posteriores regresarían a la ciudad con la actividad misionera, ganándose a la población y provocando de nuevo el malestar de las otras Órdenes. Esta situación dio lugar a numerosos pleitos y sentencias que no finalizarían hasta que el propio Virrey de Navarra, interviniese fijando el lugar de fundación. Según fuentes consultadas, sería en unas casas donadas por María de Lezcano, viuda del Almirante Antonio de Oquendo, donde se instalarían y ejercerían su actividad formadora hasta el momento de expulsión de la Orden en 1767.

Tras la expulsión de los jesuitas el Colegio fue utilizado como: hospital, casa de misericordia, cárcel y finalmente sería derribado y su espacio lo ocupa ahora la Plaza de la Trinidad.