El colegio de Jesús, María y José de la ciudad de Orduña en Bizkaia, fue fundado por un indiano, desde el propio Perú, como ocurriera con la mayoría de los Colegios de la Compañía de Jesús en el País Vasco

Su fundador fue Juan de Urdanegui López de Inoso, Oriundo de Orduña, hace carrera militar en Perú, consigue acceder a la hidalguía y finalmente a un titulo Nobiliario. Hizo fortuna desarrollando su actividad en distintos cargos de la administración y haciendo embarques a Panamá sobre navíos propios.

Sus primeras obras piadosas con su ciudad natal, están relacionada con los franciscanos. Orden a la que estuvo unido por lazos familiares. Hace distintas donaciones que permiten la rehabilitación y mejora de la ermita de la Antigua de Orduña y el proyecto de convertir en Colegiata, la Iglesia de santa María, que no llegaría a darse, situación esta que aprovecharían los jesuitas.

Con su segundo matrimonio, se desposa con la limeña Constanza de Oviedo Luján y Recalde, hija del general Francisco de Oviedo Luján Sigoney, que fuera Gentilhombre de Felipe IV, gobernador de Cayllona y teniente general del virrey del Perú en la costa venezolana de Barlovento y sobrina del jesuita Recalde. Esta nueva situación, ya a sus cincuenta y cinco años hace que se aleje de la Orden franciscana y se acerque a la Compañía.

Destinará su fortuna a la construcción de un Colegio jesuita en Orduña, desde su decisión a la puesta en marcha pasarían diez años.

El primer proyecto redactado por Urdanegui, contemplaba un colegio con diez jesuitas, que debían encargarse de la formación y educación de los jóvenes de la ciudad y sus alrededores, pero también de confesar, predicar y asistir a los enfermos y moribundos.

Para ello prometió un legado de 10.000 pesos de plata de la época, destinados a la construcción de la iglesia y el colegio, más otros 30.000 que debían imponerse a censo para con sus réditos sustentar a los religiosos. También promete 40.000 ducados para el resto de la Ordenes de la ciudad, al a construcción del Colegio, para así evitar oposición de estas con la Compañía.

La fundación no acaba de materializarse pues la provincia jesuita de Castilla no estaba muy de acuerdo en que todo el proceso se realizase desde el Perú. Así, siete años más tarde Urdanegui dispone nuevas condiciones. Los religiosos que ocupasen el Colegio debían ser catorce, entre ellos uno destinado a las primeras letras, otro a Gramática Latina y un tercero a Teología Moral. Religiosos llamados a ocuparse también de cubrir por turno de a dos las misiones a celebrar tres o cuatro veces al año en los alrededores de la ciudad, y muy particularmente en el Valle de Gordejuela, donde se hallaba la torre, casa y solar de los Urdanegui.

No llegaría a ver construido el colegio a pesar de las presiones de este y de la propia ciudad de Orduña a los Jesuitas, pues muere en l682 y se coloca la primera piedra en 1683.

Año en el que llegan los primeros jesuitas. No se finalizan las obras del Colegio hasta 1694 y no se comenzó a construir el templo hasta 1689.

En la primera década del S.XVII llegan los restos de Juan de Urdanegui y su esposa, fallecida en 1712, del Perú.

El colegio finalizaría su actividad con la Pragmática sanción de Carlos III.

Tras la expulsión el colegio y las habitaciones se convirtieron en Casa de Misericordia en 1783, con dotación, reglas de gobierno y maestros.

La iglesia fue ocupada por la Parroquia de San Juan del Mercado, que al ser de mala fábrica años después de demolió, pasando a llamarse la nueva construcción San Juan el Real, actualmente La Sagrada Familia.