Después de que la Compañía de Jesús se hubiera establecido en todas las actuales capitales de provincia de la comunidad castellanoleonesa, la ciudad de Zamora no había tenido más contacto con los jesuitas que, las misiones populares que éstos habían impartido desde comienzos del siglo XVII. Hubo varios intentos por parte de la Orden para implantarse en la ciudad. En 1612 la Compañía solicitó por iniciativa propia crear un colegio en Zamora, pero chocó con la oposición del Cabildo de la Catedral. Un siglo más tarde fue el propio Ayuntamiento de la capital quien realizó gestiones, en 1711, para conseguir la apertura del colegio, pero los intentos fueron vanos. Finalmente, con el objetivo de llevar a cabo las disposiciones del Concilio de Trento (1545-1563), en lo que a formación de candidatos al sacerdocio se refiere, el Obispo Francisco Zapata Vera y Morales solicitó el 3 de octubre de 1711 el envío de tres padres y un hermano jesuitas que se encargasen de esta misión. Se compromete a proporcionarles 800 ducados de renta y 14.000 reales para la construcción del colegio. Les impone como cargas la educación y la enseñanza de primeras letras, misiones, asistencia a hospitales y moribundos y formación de los ordenados. El primer emplazamiento de estos religiosos sería en el hospital y la capilla de la cofradía de la Candelaria. Estos pasarían con el tiempo a ocupar el Palacio Episcopal, saliendo diariamente a las iglesias y parroquias de la ciudad a realizar tareas pastorales. Finalmente y tras diversas gestiones por parte de la Orden y Obispado, en 1713 una Real Orden de Felipe V ordena a los prelados establecer seminarios para instruir a los aspirantes al estado eclesiástico, con la condición de que nunca se consideraría Colegio jesuita. El 8 de julio de 1716, el obispo y los jesuitas suscriben la escritura de fundación. Se fija una dotación de 34.000 ducados procedentes de los bienes del obispo y de su sobrino el canónigo José Zapata. El obispo concedería licencia para que se trasladasen a la iglesia de San Andrés, conforme a lo solicitado por ellos. Esto no impidió que desapareciesen los conflictos por la oposición del Cabildo, conventos masculinos y Ayuntamiento, que temían menguaran sus rentas. El edificio definitivo, que albergaría a estos jesuitas comenzaría a construirse el 1 de marzo de 1719. El director de las obras fue D. José de Barcia. En octubre de 1721 funciona la casa de ejercitantes y seminario de ordenados con el nombre de Colegio de San Andrés. Funcionaría hasta 1767, con motivo de la Pragmática Sanción de Carlos III (1759-1788).

Tras la expulsión de los jesuitas, se instaló en este edificio el Seminario Conciliar San Atilano, el 5 de octubre de 1797.

Unos años después, en 1809 se interrumpía el curso del Seminario debido a la invasión francesa. Entonces fue destinado para almacenes, cuartel y hospital, sufriendo un gran deterioro.

En 1815 el obispo Inguanzo Rivero lo rehabilitó de nuevo inaugurando el curso escolar el 30 de noviembre de ese mismo año. En las siguientes décadas se acometen distintas reformas y ampliaciones y el 18 de marzo de 1947 se le concedió una ayuda oficial de cuarenta millones de pesetas, para la ampliación y construcción de Seminarios y templos parroquiales. Hasta ahora cuenta con Seminario Menor, Mayor e Iglesia.