El Colegio de San Esteban de la ciudad de Murcia, toma su nombre del propio fundador, D. Esteban de Almeyda, obispo de la Diócesis desde 1546 hasta 1563. El tesón y los recursos aportados por el Obispo, favorecieron la fundación y establecimiento de este colegio temprano, en la ciudad, en 1555, año en el que todavía vivía San Ignacio de Loyola. El colegio representó la formación humanística en la ciudad y la institución tuvo un gran apego por parte de la población. Llegó a contar con ciento cuarenta estudiantes. Cesaría su actividad con motivo de la Pragmática sanción promulgada por Carlos III (1759-1788) en 1767.

Tras la expulsión de los Jesuitas en 1767 fue ocupado por la Compañía de Dragones de la Reina y en 1770 se trasladó la Casa de Misericordia albergando así mismo el Manicomio Provincial. En 1931 durante la Segunda Republica Española fue declarado Monumento, hecho que no sirvió para evitar su deterioro, hasta el punto que a pesar de encontrarse en su interior el Museo del Traje Folklórico ,así como valiosas obras de arte, estuvo a punto de ser demolido en 1972.

Tras años de polémica para decidir que uso dar al Colegio de la Compañía y su huerto se decidió en 1984 convertirlo en Palacio de San Esteban, sede de la Presidencia de la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia.