En Galicia los jesuitas fundaron seis colegios, desde el momento de fundación de la Orden. Los tres últimos en el S.XVII, entre los cuales está, el colegio de San Francisco Javier de A Coruña. La presencia de los jesuitas en A Coruña se constata desde 1554. Mediante misiones los religiosos de la Compañía se acercan a la región, llevando a cabo labores misioneras y pastorales sin un establecimiento fijo. A partir de 1673, los religiosos han ganado adeptos entre los ciudadanos y clases dirigentes de la ciudad. Sería por iniciativa de los alcaldes mayores de la Real Audiencia de Galicia y el gobernador que, se insta a la fundación de un Colegio jesuita en la ciudad. Uno de estos oidores interesado en el establecimiento de la Compañía en A Coruña, fue Juan Pardo Monzón que se encargaría de las conversaciones con el Ayuntamiento, gremios y otras instituciones para favorecer su fundación. Como ocurriera en otras provincias jesuíticas, la Orden chocó con la oposición del resto de las órdenes ya establecidas en la ciudad, que no dudaron en buscar apoyos, entre ayuntamiento y personalidades, para su causa. El caso de este colegio de A Coruña, es un caso singular, de elección democrática. Se sometió a votación en un Concejo abierto, donde todos los coruñeses podían decidir como costear y mantener el Colegio jesuita en la ciudad. La resolución fue por repartimiento entre todos los vecinos. Cada uno pondría o donaría lo que pudiese. Los PP. Rubí y Loyola, responsables de la fundación, se establecerían definitivamente en la ciudad, en el Hospital de San Andrés, situado extramuros, en el arrabal conocido como La Pescadería, zona de mareantes y pescadores, soldados y clases populares. Donado por el Gremio. Su estado era ruinoso, pero gracias al ofrecimiento de del oidor Juan Altamirano, que se hizo cargo de los costes de las obras, los religiosos ya contaban con un primera asentamiento y capilla. Tendrían que esperar hasta 1693 para obtener el permiso de fundación de Carlos II. Desde la Corte algunos de los consejeros, aliados a las fuerzas coruñesas contrarias a la Compañía, habían dificultado la burocracia para conseguirlo. Pero paradójicamente embajadores protestantes en la Coruña, como el inglés y el holandés mediarían para su consecución. Y no sería hasta 1695 que se inicia la construcción del Colegio, mientras tanto desde San Andrés se constituyen como Comunidad autónoma denominada colegio. Contó con nueve religiosos. El Colegio de San Francisco Javier, se construiría en la entonces zona del mercado, en el límite de La Pescadería y la Muralla de la ciudad Alta. Dada la escasez de recursos con la que contaron las obras fueron lentas y el templo y la botica, previstos en los planos, no se construirían hasta 1725. La iglesia, que se conserva es la actual parroquia de San Jorge. Hasta 1701 no se produce el traslado al nuevo colegio y hasta su cierre, en 1767, contó con una media de 12 religiosos. Se hicieron cargo de la Escuela de Primeras letras y de la Gramática, que hasta entonces gestionaba el Ayuntamiento. Y a partir del S.XVIII el colegio cuenta con la Cátedra de Teología moral.