El marqués de Almazán sería el instigador del proyecto de fundación del primer colegio jesuita en Tudela (Navarra) en 1600. A él se deben las primeras gestiones y su empeño en dar conocer a los tudelanos esta Orden religiosa. La presencia de los jesuitas en la ciudad se constata desde 1578, en un número muy reducido el P. Gaspar Pérez junto con otros religiosos, llevan a cabo labores misioneras entre la población, sin contar con un alojamiento estable. Desde este primer contacto, la población no deja de recurrir a la Orden, anualmente, para que participen en los sermones de Cuaresma. Iniciándose una estrecha relación que favoreció la petición y aceptación por parte del Cabildo del establecimiento de un colegio-residencia de la Compañía en la ciudad. Como en otras ciudades los jesuitas, contaron con la oposición de las otras Órdenes ya establecidas en Tudela y de algunos ilustres que no consideraban factible el mantenimiento de una nueva institución religiosa en la ciudad.

Desde finales del siglo XVI, este proyecto de Colegio recibió donativos y heredades por parte de particulares, para su consecución. Pero la fundación no tendría lugar, hasta 1600 y se llevaría a cabo con la herencia legada a la Compañía por doña Inés de Lasarte y Veraiz. En 1614 el ayuntamiento transfiere la Escuela de latinidad o Estudios Viejos al colegio jesuita y éste se hace responsable de la formación de los jóvenes tudelanos. Se desconoce el desarrollo posterior de esta institución. Contaba con una iglesia anexa con advocación a San Jorge, que comenzó su construcción en 1608.

A partir de la expulsión de los Jesuitas en 1767 pasa a ser propiedad municipal como Escuela de Primeras Letras compartiendo uso con la Sociedad Económica de Amigos del País. Posteriormente acogió el primer Instituto de Enseñanza Secundaria que se implantó en Navarra en 1839, la Escuela Especial de Agricultura en 1851. De la misma época es también el nuevo colegio de los jesuitas, el de San Francisco Javier, anejo al templo, que empezó a construirse en 1887 y fue terminado en 1891. Actualmente instituto de Secundaria.

Del antiguo Convento de los Jesuitas, hoy queda el claustro, es lo que hoy se conoce como el edificio Castel-Ruiz. Manierista, del siglo XVII, que formaba una unidad con la Iglesia de San Jorge. El edificio restaurado en 1982 y adaptado a sus nuevos usos, alberga también la Escuela Municipal de Música Fernando Remacha.

En el AHN de Madrid se custodia documentación del Colegio procedente del propio colegio y de la Junta de Temporalidades, encargada de administrar los bienes del mismo durante la supresión de la Compañía de Jesús.