Desde finales del s. XVI los habitantes de Almagro instan a las autoridades la creación de un colegio y, paralelamente, empiezan a acumular donaciones y heredades para la fundación de tal institución. Felipe III autorizará la constitución de un colegio de la Compañía de Jesús en la ciudad, previa petición del Procurador General Francisco Valdivielso; sin embargo, el cabildo pone a los jesuitas como condiciones la creación de dos cátedras, una de Gramática y otra de Retórica, y de una escuela de primeras letras y latinidad para los niños de Almagro.

El plan de edificar Colegio-convento e iglesia no se puede llevar a cabo debido a la insuficiencia de las donaciones recaudadas. No será hasta 1609 cuando la familia de Mera dona unas casas y Palacios Maestrales para el establecimiento de la escuela. Algunos historiadores apuntan a la primera década de este s. XVI, como momento de construcción del Colegio y a 1635 el año en el que se finaliza.

Desde 1611 la escuela empieza a funcionar y paralelamente se construye el complejo Colegio-convento e Iglesia. En 1672, debido a la escasez de recursos, los jesuitas se niegan a continuar con la labor en la Escuela de primeras letras. Frente a la denuncia del ayuntamiento ante el rey, este dictaminará la pérdida de las casas-escuelas por parte de los jesuitas, asignando la labor de enseñanza a los religiosos de la Orden de San Juan de Dios.

Este Colegio de San Ignacio, desde sus inicios, no contó con muchos religiosos. En 1770 contaba con 14 miembros. Tampoco tuvo mucho tiempo para desarrollar su actividad y su arraigo entre la población. La construcción de sus instalaciones fue lenta y en 1767 tuvo que cesar su actividad con motivo de la Pragmática sanción de Carlos III.