La Compañía de Jesús llegó a la ciudad de Badajoz en 1633, y se instalan en un convento ya existente, el convento de Santa Catalina. Este convento fundado en 1515 fue abandonado por sus monjas en 1623, dado el mal estado de su fábrica. Algunas fuentes apuntan al año 1634 cuando los jesuitas rehabilitan el edificio y se instalan en el, por iniciativa de Alonso Pérez de Vita, licenciado y canónigo penitenciario. Adquirieron las casas colindantes y abrieron ante la fachada de la antigua iglesia, que había sido primero de Santa Catalina y después de San Antón, una plazuela, actual Plaza de Santa María. Compraron también la edificación al otro lado de la actual calle Soto Mancera, tendiendo un arco de unión, que aún subiste, para facilitar el paso de los religiosos entre su Residencia y el Colegio. Este edificio, que más tarde fue la llamada Casa de las Aguas. El colegio recibió donaciones de distintas personalidades de la ciudad, que ayudaron a su desarrollo y mantenimiento, también la Iglesia lo que provocó la permisión para que algunos de estos personajes lo utilizaran como panteón funerario. Personajes como Dnª. Damiana de León y Silva, que contribuyó a la construcción del retablo del templo, o D. Juan Solano de Figueroa, canónigo y autor de la Historia eclesiástica de Badajoz, que dona en 1661 su biblioteca completa al Colegio. En 1767 los jesuitas se ven obligados a abandonar el edificio, con motivo del Decreto de expulsión promulgado por Carlos III (1759-1788). En esos momentos el colegio contaba con un maestro de Gramática y dos Ludimagistri.

Tras la expulsión el complejo Colegio-convento e iglesia pasó a manos de particulares. El convento y residencia fueron reutilizados como viviendas. En el templo se instaló la parroquia de Santa María la Real, hasta el momento de la Desamortización de Mendizábal que pasa a manos particulares. Tiempo después, en 1997, el colegio fue demolido para construir el edificio de la residencia de estudiantes, Julio Cienfuegos. El convento sería rehabilitado en 2001 y en 2010 acogió la sede de la Concejalía de Cultura.