Sería D. Diego López Pacheco, III Marqués de Villena, el protector de los jesuitas en la población de Belmonte, Cuenca. Ya en 1556 muestra su interés por el establecimiento de la Compañía en la población y para ello ofrece 1500 ducados para su consecución, que estarían administrados por el P. Juan Lucas. Aunque esta ayuda no llegó a aplicarse. Los primeros padres en establecerse en Belmonte fueron Pedro Sevillano, Juan de Cuadra y Pedro Rodríguez, este último nacido en Belmonte. La primera Casa-convento se establece bajo la torre de la Colegiata, creando allí el estudio de Gramática. Estos estudios fueron tan valorados y conocidos que, en menos de diez años ya contaban con cuarenta alumnos, llegados de diferentes puntos de España. El colegio definitivo termina de construirse, según las fuentes consultadas, el 18 de febrero de 1640. El colegio de Belmonte es el primero de España en abrir un convictorio o internado. El colegio pasó por dificultades al no poder fue el costear el mantenimiento de los alumnos externo e internos, sin solicitar un cobro. Pero contaría, desde sus inicios, con una subvención del propio ayuntamiento, que llegaría a alcanzar los 30.000 maravedíes anuales en el año 1567. Por otro lado recibió las donaciones de particulares de la población, como la noble y rica Dñª. Francisca Ponce de León o el IV Marqués de Villena, así como potentados de otras poblaciones cercanas. En 1582 llegó a contar con 500 alumnos, según historiadores, esto se explica por el concierto que los jesuitas tomaban con ayuntamientos de otras poblaciones e incluso de la Universidad, para absorber alumnos que demandaban el aprendizaje de la gramática y el Latín. Desde su origen contó con dos maestros de Gramática y dos de primeras letras. En el momento de su cierre, 1767, con motivo del Decreto de Expulsión de Carlos III (1759-1788), el colegio contaba con uno maestro de Gramática y un Ludimagistri.

Tras la expulsión el colegío forma parte de la Diócesis de cuenca y es utilizado como Aula de Primeras letras, Latín y Retórica. Y la Iglesia funcionaria como auxiliar de la parroquia de la Colegiata.