La proximidad del colegio de Osuna y Marchena, los de Sevilla e incluso el de Écija, facilitaron las visitas y misiones de padres jesuitas por las tierras de Morón. La a fundación de un colegio de la Compañía de Jesús en la villa de Morón se debió, a los bienes legados por el portugués y vecino de la villa, don Lorenzo Díaz, de los que la Compañía tomó posesión el 30 de septiembre de 1625. La fundación no se haría efectiva hasta dos años después, el 21 de enero de 1627. Tras su llegada a la villa, tomaron como primer asentamiento la antigua ermita de Santa Quiteria, en cuyo lugar ya habían profesado las monjas jerónimas, hasta su traslado, por estas fechas, a su nuevo convento situado en el barrio de Santa María, de Morón. Se diseña una nueva distribución para el templo y para el colegio, de este último se desconocen datos sobre su artífice. Desde su origen cuenta con un profesor de Filosofía, uno de Gramática y uno de Primeras Letras. No se han encontrado más datos sobre el desarrollo intelectual y cultural del Colegio. Finaliza su actividad con los jesuitas, en 1767, tras la Pragmática Sanción promulgada por Carlos III (1759-1788).

Tras la expulsión, el colegio, perteneciente a la Diócesis de Sevilla es destinado para habitación de Maestros de primeras letras, Latinidad, y Retórica convirtiéndose así en escuelas reales. El resto del edificio fue destinado a Hospital de Mujeres Pobres y Huérfanas, separando este establecimiento de la iglesia a través de un muro.

La iglesia quedó convertida en oratorio privado.

Con la vuelta de los jesuitas a España (1816), la Compañía regresaría a Morón de la Frontera pero, no ocuparía sus antiguos edificios. En 1817 el colegio seguía ocupado por el Hospital de mujeres, y las Escuelas Reales.

En 1868 el edificio quedó a cargo del capellán don José María de Meneses y Rodríguez. A partir de este momento, las dependencias colegiales pasaron a tener varios usos: oficina de Correos y Telégrafos, pequeño teatro y escuela pública.

A finales del s.XIX , principios del XX, el colegio fue derribado y construido en su lugar la Plaza de Abastos.