El Colegio de San Pablo de Granada fue fundado por la Compañía de Jesús en 1554, un centro que llegaría a ser a finales del siglo XVI una de las más importantes instituciones universitarias de la ciudad.

En su primera etapa destaca la figura del arzobispo Don Pedro Guerrero como gran impulsor del centro, pagando los primeros alquileres de las casas y recaudando limosnas para la comunidad religiosa. También participaron de manera muy destacada en el patrocinio del centro otro arzobispo Don Felipe de los Tueros y Huerta, un comerciante genovés llamado Bartolomé Veneroso y la familia Fonseca que fundó un patronato para la construcción de instalaciones educativas, bajo la advocación de la Inmaculada Concepción.

Las obras principales en el Colegio se iniciaron a mediados del siglo XVII y no finalizaron hasta bien entrado el XVIII. El colegio originalmente estaba formado por dos espacios, configurados alrededor de sendos patios y con galerías para habitaciones dedicadas a la docencia y otras actividades. A mediados del siglo XVIII volvió a recibir una importante donación de la familia Fonseca que permitió continuar acondicionando el edificio, construir ocho nuevas aulas, el Aula Magna y la portada del edificio. En él se establecieron las cátedras de Lógica, Filosofía y Teología y posteriormente se promovió la fundación del Colegio de los Santos Apóstoles Bartolomé y Santiago.

La Iglesia se comenzó a construir en 1575 y las obras estaban dirigidas por los arquitectos y Padres jesuitas Alonso Romero, Pedro Sánchez y el Hermano Martín de Baseta. Se alza sobre una planta de cruz latina y cubre su única nave con una bóveda de cañón, una portada principal con un relieve sobre la conversión de San Pablo y todo coronado por una estatua de San Ignacio de Loyola. En el interior destaca un retablo de 1630 con un mecanismo interno muy original diseñado para hacer girar los lienzos que lo configuran.

La expulsión de la Compañía de Jesús en 1767 puso fin a la presencia de los jesuitas en el colegio de San Pablo de Granada. Los edificios se entregaron al Arzobispado y a la Universidad, que fijó la Facultad de Derecho en el antiguo colegio jesuita, adquiriendo también la biblioteca. La iglesia pasó a convertirse a finales del siglo XVIII en la actual parroquia de los Santos Justo y Pastor.