La fundación del colegio de San Pedro y San Pablo en Medina del Campo se produce en el año 1551, en pleno apogeo de fundaciones de colegios de la Orden jesuítica tanto en Italia como en España; todos ellos con la característica en común de tener una triple finalidad: ser residencia de jóvenes jesuitas, formarles en las materias de humanidades y teología y admitir en sus clases a estudiantes externos.

Medina del Campo era a mediados del siglo XVI una próspera villa comercial en Castilla, sede de importantes ferias de repercusión internacional y destino de destacados comerciantes y mercaderes. Una de estas figuras era Antonio Acosta que favoreció la construcción del nuevo colegio y dejó en él a cinco de sus hijos, entre los que destacó el padre José Acosta autor de la famosa Historia natural y moral de las Indias.

No solo fue la familia Acosta la que facilitó la construcción del colegio de Medina, hubo también otras figuras destacadas entre las que destacó Rodrigo Dueñas, hombre rico de la localidad y miembro del Consejo de Hacienda, y el matrimonio de mercaderes formado por Pedro Cuadrado, y su esposa, Francisca Manjón.

La comunidad jesuita de Medina levantó una iglesia y un edifico de nueva planta para el colegio por el que pasaron importantes y famosas autoridades. En él se estableció el noviciado de Castilla, desde 1562 con el magisterio del padre Baltasar Álvarez, entre los maestros destacaron figuras como la del padre Juan Bonifacio y entre los estudiantes Juan Yepes, futuro fray Juan de la Cruz.

La fundación del convento, noviciado y colegio jesuita se llevó a cabo en unos terrenos situados frente a la plaza de Santiago. Las obras comenzaron en julio de 1553 y se terminaron totalmente en 1602. Bendecido por San Francisco de Borja, General de la Compañía de Jesús, el conjunto conventual estaba articulado en torno a varios patios o corrales, comunicados mediante corredores, situándose las viviendas en una larga galería de cara a la huerta. En un cuerpo independiente estaban la bodega, el lagar y la panera, las aulas de filosofía, de gramática y de moral se encotraban anexas al templo.

Del antiguo conjunto colegial solo se conserva la iglesia, edificada siguiendo el modelo que posteriormente mantuvieron otras construcciones de la Compañía, con una nave central y capillas laterales unidas por pasillos abiertos en los muros trasversales.

El templo estaba bajo la advocación de San Pedro y San Pablo, cuyas imágenes en alto-relieve policromado presidían el centro del retablo mayor del templo, hasta que llegó el Real Decreto de Carlos III. En la madrugada del 2 de abril de 1767, el Juez Real Ordinario daba cuenta al Superior de la Compañía de Jesús en Medina del Campo del Real Decreto de expulsión, ordenándole abandonar las instalaciones.

El colegio de Medina fue clausurado, su biblioteca se trasladó a la Colegiata de San Antolín y el resto de estancias y cuartos se convirtieron en una fábrica de pólvora, ardiendo totalmente al poco tiempo. Solo se salvó la iglesia de San Pedro y San Pablo, a la que pronto se trasladó la Parroquia de Santiago el Real, nombre por el que se conoce a la iglesia hasta la actualidad.