Según las crónicas, en 1550 llegan los primeros jesuitas a la ciudad de Burgos, se situaron los en unas casas localizadas en el barrio de San Gil. Sus condiciones eran precarias y la estancia en este lugar fue breve debido a las suspicacias entre los lugareños.

Algunos historiadores, los localizan años después, en 1566 en la calle Cantarranas la Mayor, dónde establecerían el Colegio de san Salvador. Esta ubicación y la apertura del colegio vienen favorecidas por el Condestable don Íñigo Fernández de Velasco, que hace donación de casas y rentas para favorecer la situación del profesorado la calidad de la enseñanza y el aumento de alumnos. en el Colegio se impartiría: latinidad en tres aulas de menores, medianos y mayores, artes, teología o casos de conciencia, lo más indispensable para el dicho Obispado y sin estipendio alguno para todos los estudiantes que quisieran venir al Colegio.

En 1568 amplían el colegio adquiriendo mediante compra las casas colindantes. Asentados en esta nuevo espacio el colegio contó con el favor y donación de individuales de la ciudad. Acrecentó sus posesiones y recursos situados extramuros, también.

Sin embargo, la documentación apunta a una segunda refundación que llegaría de manos de la familia de Francisca de San Vítores de la Portilla, quien en su testamento de 1606 otorgó la suma de 28.000 ducados para tal efecto. Sin embargo, la iglesia y el nuevo colegio no se comenzaron a construir hasta 1684. La iglesia con advocación a San Lorenzo se situó sobre un antiguo templo ya existente. Este primer templo con advocación a San salvador, de gran sencillez pervivió hasta 1694. Pues como deja escrito en su testamento doña Francisca se construirá una de mejor calidad que servirá de panteón familiar.

Fueron sus constructores los arquitectos cántabros Bernabé de Hazas y Francisco del Pontón Setién. El proyecto planteó la iglesia de planta central, octogonal, propia del gótico de Castilla León.

Actualmente, la parroquia de San Lorenzo el Real ocupa el espacio de este antiguo Colegio-Convento y su iglesia.