La fundación del colegio de jesuitas de Cartagena llegó a finales del siglo XVII, siendo de los más tardíos que se producen en la región de Murcia, junto al de Lorca que se fundó en 1713.

En enero de 1690 el padre Blázquez tomó posesión de una ermita dedicada a San Sebastián utilizando sus dependencias para establecer la residencia de la Compañía de Jesús en la ciudad de Cartagena. En octubre del mismo año se incorporó el padre Luís Fernández Cuadrado para ayudar en la organización de las principales actividades del centro, que en el caso del de Cartagena fueron: las congregaciones de alumnos y adultos, la atención a las obligaciones espirituales y las misiones.

No alcanzando gran relevancia en comparación con otros centros jesuitas de la zona, sí compartió el mismo destino con la expulsión decretada en 1767, junto a otros como el de Caravaca, Segura de la Sierra, Lorca o Hellín.

La expulsión de los jesuitas tuvo una repercusión muy visible en Cartagena ya que su puerto fue el elegido para que embarcasen todos los Jesuitas expulsados de la provincia de Toledo. Se calcula que fueron unos 240 religiosos los que iniciaron el periplo que les condjuo a su destino definitivo en los Estados Pontificios, después de hacer una primera parada en noviembre de ese mismo año en Córcega.