La fundación del colegio jesuita de San Teodomiro es relativamente tardía si se compara con el resto de fundaciones que se habían producido en Andalucía; en el caso de la comunidad de Carmona se lleva a cabo iniciado el siglo XVII, al tiempo que se inauguran los centros en otras ciudades como Osuna o Utrera.

Después de varias tentativas fallidas, en el año 1619 son unos oligarcas de Carmona, Pedro de Hoyos y Escamilla, escribano público de la ciudad, y su mujer Doña Apolonia Barba los que consiguen fundar un colegio de la Compañía en la ciudad. La escritura de la fundación se otorgó en Sevilla el 6 de abril de 1619 con la condición de los jesuitas de no inaugurar el colegio hasta que este no tuviese aseguradas unas rentas anuales que les garantizara su correcto funcionamiento.

Los primeros jesuitas se instalan temporalmente en unas casas que poseía el escribano, situadas entre la calle de San Francisco y la calle de En medio, teniendo como primer rector al padre Rodrigo de Figueroa, a quien más tarde sucedió el padre José Muñoz de Gálvez. En 1620 obtienen el permiso definitivo para fundar colegio e iglesia y eligen unas casas cerca de la iglesia mayor, donde construyeron su iglesia y colegio. En el solar escogido existía una antigua ermita, dedicada a San Teodomiro y en 1622 parece que el traslado ya se había producido.

El templo tenía unas dimensiones modestas, de planta rectangular con un retablo que contenía lienzos de San Teodomiro, San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier. En este primer emplazamiento estuvieron los jesuitas durante un siglo ya que en 1701 se iniciaron las obras para levantar unas nuevas instalaciones. En 1720 inauguraron el nuevo colegio y la iglesia, construida siguiendo los planos de Pedro Romero, arquitecto de la Casa de Medina Sidonia. Siguiendo el prototipo de templo de la Orden de Jesús poseía tres espaciosas naves, la mayor, más alta con bóveda de cañón, y las laterales, de menores dimensiones, con bóvedas de arista.

La labor de los jesuitas de Carmona no solo se centró en las actividades comunes de esta Orden: enseñanza, oración y misiones, sino que también estuvieron implicados en visitar a enfermos en hospitales, recaudar limosnas, atender a presos en cárceles y actuar como pacificadores en conflictos de la vida diaria, impartiendo pautas de comportamiento.

Los jesuitas permanecieron en Carmona hasta la expulsión promovida por Carlos III en 1767. El 6 de abril de 1767 se redactó un primer inventario de los bienes existentes en el templo jesuítico, que eran cuantiosos, y en los años siguientes se hicieron otros que terminaron por desmantelar completamente el templo, repartiendo los bienes por el resto de parroquias de Carmona. En 1779 se trasladó a esta iglesia la parroquia de San Salvador, suprimiéndose la advocación de San Teodomorio.