La fundación de colegios jesuitas que se propagó principalmente durante la segunda mitad del siglo XVI y, en menor medida en la primera mitad del XVII, se vio claramente disminuida a partir de 1642 cuando quiebra el colegio de San Hermenegildo de Sevilla. La disminución de religiosos y sobre todo el estancamiento de las donaciones que sufragaban las fundaciones de los colegios fueron los factores decisivos para que su número se rebajara drásticamente.

En la segunda mitad del siglo XVII se fundan solo seis comunidades jesuitas, ubicadas en su mayoría en poblaciones de mediana entidad. Una de ellas fue la comunidad de Arcos de la Frontera, cuya fecha exacta de fundación no queda clara consultando las fuentes existentes.

En 1653 se habla de una donación por parte de Doña Ana de Trujillo Coronado y Torres que legó todas sus posesiones a favor de los jesuitas con el objetivo de crear una casa colegio destinada a enseñar primeras letras, bajo la advocación de Santa Catalina. También se cita la donación que hizo, en 1762, Diego de Virués que cediendo su propia casa permitió crear un centro con cátedras de Artes y de Teología Moral, de esta donación parece que trata una de las lápidas encontradas en el patio del colegio. Otras fuentes retrasan la fundación a finales del siglo XVII, en el año 1692.

Durante el siglo XVIII se agregaron escuelas menores y en 1759 se iniciaron obras para ampliar el centro y crear una casa-convento, pero el proyecto se interrumpió con la expulsión de la Orden durante el reinado de Carlos III. Expulsados los jesuitas, el colegio fue ocupado años más tarde por los padres mercedarios, en 1785, que estuvieron en el centro hasta la Desamortización de Mendizabal, quedando en ese periodo bajo la advocación de Nuestra Señora de las Nieves.