Los jesuitas llegan a Úbeda en el último cuarto del siglo XVI. En el manuscrito sobre la Historia de la Compañía de Jesús en la Provincia de Andalucía, el Padre Martín de Roa describe el momento de la fundación de la comunidad de Úbeda. Fue Doña Luisa de Mendoza y Carrillo, mujer de Don Juan Vázquez Molina y Salazar, secretario del rey, la que en 1573 hospeda en primer lugar a los primeros religiosos y les cede un espacio con casa, huerto y capilla, llamado de San Luís donde se instalan temporalmente e inician sus labores religiosas.

Los jesuitas se mantuvieron en Úbeda en forma de misión durante una década, hasta que las donaciones posteriores les permitieron establecerse en un lugar más propicio para levantar colegio e iglesia. Es el obispo de Jaén Francisco Sarmiento el que pide a Don Jorge de Becerra y Roa la donación para la Compañía de la ermita de Santa Catalina, junto a la casa adosada y una pequeña plaza anexa. La cesión se produce el 5 de octubre de 1582 con la presencia del superior de la Compañía el Padre Juan Herrera y el obispo de Jaén, que también hace una importante donación de limosnas en trigo y maravedíes.

Las donaciones continuaron en los años siguientes hasta que en 1593 los jesuitas pueden fundar el colegio siendo el Padre Juan de Casarrubio su primer rector. El colegio fue tomando importancia en la ciudad poco a poco y durante el siglo XVII se solicitaron licencias para ser ampliado, en esta labor destacó la donación de doscientos ducados de renta anual que realizó Don jorge Monsalve de San Martín en 1635 para que la enseñanza de gramática de forma gratuita. Otra ampliación se produjo en 1760

La antigua ermita de Santa Catalina fue reedificada entre 1599 y 1618 y el conjunto del edificio religioso se inauguró el día de San Ignacio el 31 de julio de 1620 siendo el rector el Padre Alonso de Valenzuela; las obras volvieron a la iglesia en 1670 para mejorar su conservación. En su interior destacaban la talla de Santa Catalina en el retablo principal y otras imágenes como la de la Inmaculada Concepción o la del fundador de la Compañía San Ignacio de Loyola.

Los jesuitas permanecieron en el colegio-convento de Santa Catalina hasta el año 1767. En agosto de ese mismo año se hizo inventario de sus todos sus bienes: tierras, casas y el complejo del colegio incluido el templo. Todo fue puesto en venta en pública almoneda el 24 de diciembre de 1774, un año más tarde de producirse la disolución definitiva de la orden en la ciudad.

La iglesia fue abandonada y acabó siendo cuartel en la primera mitad del siglo XIX y aunque las aulas mantuvieron en principio su actividad para la enseñanza laica, poco a poco también fueron desapareciendo. Los jesuitas volvieron a Úbeda a mediados del siglo XX para continuar su función educativa. En 1950 fundaron en los terrenos conocidos como del León y la Zurrupa las nuevas Escuelas Profesionales de la Sagrada Familia.