El Convento de Santa María se fundó en el año 1527 y desde el inicio fue ocupado por una comunidad de religiosas concepcionistas. Habían recibido por cesión la propiedad de una ermita en el arrabal de la ciudad que convertirían en la casa que acogería a las damas de la ciudad.

La historia del convento y su comunidad ha sido agitada ya desde sus inicios. En diversas ocasiones se vieron obligadas a abadonar la casa logrando regresar para continuar con su labor.

En 1596 la ciudad de Cádiz estaba siendo asediada por los ingleses. Sería la primera ocasión en la que tuvieron que abandonar el convento que quedaría casi en ruinas, junto con la iglesia. Sólo un año después lograron regresar y comenzar con la primera restauración del edificio.

En 1616 llevan a cabo importantes mejoras en el convento. Gracias al nuevo patronazgo de un comerciante genovés, Esteban Blanqueto, levantan una nueva capilla y restauran las zonas que estaban más afectadas.

En 1702, durante la Guerra de Sucesión, las religiosas vuelven a salir del convento y desplazarse hasta Medina. Hasta cincuenta y ocho monjas deberán permanecer varias semanas fuera de la ciudad de Cádiz.

Las diferentes circunstancias históricas y políticas les obligarían a salir del convento en numerosas ocasiones más. Según esta documentado en el archivo conventual, las religiosas salieron en los años 1797, 1810, 1868 y 1873.

Ya en el siglo XX, con la proclamación de la Segunda República el convento es atacado obligando, nuevamente, a la comunidad de religiosas a marcharse. En 1936, con la Guerra Civil, el convento sufre importantes daños. Las concepcionistas de Santa María se instalan entonces en el Monasterio de la Piedad y tras la guerra comienzan con los trabajos de reparacion.

Lograrían regresar y permanecer en el convento hasta el año 2006. De nuevo se instalan en la Piedad cuando se ven obligadas a dejar la casa por el estado de ruina en el que se encuentra. No se les permite permanecer en el edificio debido al peligro que supone.

Aunque el convento permanece vacío desde el año 2006, la comunidad concepcionista que lo ocupaba continúa haciendo gestiones para poder llevar a cabo la necesaria restauración del edificio para poder regresar.

Mientras se buscan patrocinadores que se hagan cargo de los gastos de las obras, las monjas residen en el vecino Monasterio de la Piedad.