La Compañía de Jesús fundó en Baeza dos centros: el primero fue el seminario o colegio de Santiago, cerca de la Universidad, y después el noviciado de San Ignacio, ubicado en el camino de Úbeda. Durante muchos años se ha pensado que el de Santiago se abandonó cuando se inauguró el de San Ignacio en 1596, sin embargo las últimas investigaciones aclaran que ambos centros permaneciron abiertos al mismo tiempo, si bien el de Santiago tuvo mayores dificultades para mantenerse.

Fundado en 1570, el colegio de Santiago ocupó un amplio solar del centro de la ciudad donado por doña Elvira Juana de Ávila. Apenas habían pasado un par de décadas se intentó una ampliación, en 1592, bajo los planos de Villalpando y Prado aunque el conjunto colegio-iglesia no llegó a terminarse completamente.

Las obras del colegio se iniciaron teniendo al Padre Pedro de Caxa como procurador que contrató a Mateo Molina, padre e hijo, para servir al colegio 500 varas de piedra franca para los muros del edificio, según se puede comprobar en el contrato que se guarda en la sección de protocolos notariales del Archivo Histórico Municipal de Baeza. De él destacaba el arco de entrada con dos columnas muy barrocas sobre altos pedestales y del templo una portada de estilo manierista decorada con tres arcos moldurados.

Aunque las obras nunca llegaron a finalizarse y la iglesia casi no pasó de sus inicios funcionó como residencia de los Jesuitas hasta su expulsión en 1767. Posteriormente el espacio se utilizó como cuartel, oficinas municipales, etc.