La comunidad jesuita instalada en el siglo XVIII en Vitoria tuvo una existencia de apenas 16 años. La fundación del colegio se llevó a cabo en el año 1751, bajo la advocación de San Fernando, según las fuentes, en honor al monarca que les concedió el permiso para fundar las instalaciones en la capital vitoriana. Con anterioridad a esa fecha existían jesuitas instalados en casas particulares pero no obtuvieron el permiso de construir una comunidad hasta mediados del siglo XVIII. La Compañía de Jesús había tenido varios intentos anteriores de crear una comunidad en Vitoria, dos en el último cuarto del siglo XVI y otro a finales del XVII. El rechazo de las autoridades y de buena parte del Clero no permitió que los jesuitas se organizaran en la ciudad alegando que Vitoria ya contaba con suficientes comunidades religiosas. El intento definitivo se gestó partir de 1737 cuando el general Juan Francisco de Manrique y Arana dejó un legado para fundar una iglesia y un colegio de esta orden que finalmente se llevó a cabo en la zona conocida como Villa Suso. La fundación vino tras la aprobación de Fernando VI en un Real Decreto con fecha 18 de abril de 1751 y de Benedicto XVI mediante Bula Papal con fecha de 29 de abril. En la misiva del Papa se recogía las reticencias que seguían teniendo ambos cleros, secular y regular, sin motivo razonable. El 29 de mayo, estando en Vitoria el obispo de Calahorra emitió el documento por el que se erigió la Casa de habitación, que tenían en la ciudad los dos padres Jesuitas que residían en ella en Colegio o Casa de residencia de la Compañía de Jesús, conforme a las reglas aprobadas por la Sede Apostólica... No se conocen muchos detalles de los edificios que se llegaron a levantar, la iglesia sería de estilo barroco, el característico de la Compañía de Jesús y el colegio no se sabe con exactitud si llegó a inaugurarse y utilizarse como tal ya que a finales de 1766 las comunidades vitorianas (cabildos y resto de comunidades religiosas) decidieron echar a los Jesuitas de la ciudad y anular la fundación de la comunidad vitoriana. El punto final llegaría con el Real Decreto de 27 febrero y la Pragmática Sanción del 2 abril del año 1767, decretados por Carlos III. En los dos años siguientes todos los bienes muebles pertenecientes al Colegio de San Fernando de Vitoria fueron puestos en venta, la iglesia tras considerar que no era necesaria para el culto fue desacralizada y posteriormente demolida y el colegio volvió a su anterior función como vivienda de laicos.

A finales del sigo XIX un grupo de jesuitas de origen francés intentó volver a Vitoria y en 1942 la Compañía fundó el colegio-instituto Politécnico Jesús Obrero.