Se trata de una fundación tardía de finales del S.XVII y que se culmina en el S.XVIII.

Los Jesuitas llegan a la ciudad a finales en el S.XVI, sufriendo dos intentos fallidos en su instalación. Sería en 1688, gracias al legado del testamento de la marquesa de Rafal, María Manuela Valenzuela Vázquez y Fajardo, cuando se instalan definitivamente en la ciudad.

La marquesa había legado sus bienes a las monjas agustinas descalzas, para la creación de un convento en Murcia, pero estas no muestran mucho interés en la empresa, por lo que, cumpliendo su testamento en caso de no ser utilizado por estas, los bienes se utilizarían para la construcción de un Colegio de la Compañía de Jesús.

La compañía será la benefactora de estos bienes, que se hará cargo de la creación de el Colegio con la llegada de una comunidad muy reducida, de seis religiosos procedentes del convento de San Pablo de Valencia.

Hasta 1724 se instalan como una simple residencia en una iglesia y colegio con advocación a San Joaquín, Santa Ana y la Inmaculada Concepción. Después al obtener las Cátedras de Gramática y Retórica comienzan a funcionar como colegio.

En 1730 reedifican el Colegio con nuevas instalaciones y construyen su templo. En 1753 están preparados para recibir y albergar alumnos. Se convirtió en el colegio predilecto entre la clase acomodada de la ciudad. También superó en el número de feligreses al resto de las Órdenes.

En torno al Colegio se crearían asociaciones y cofradías como es, la de la Concepción de Nuestra señora y contó con una rica e importante biblioteca.

Finalizaría su actividad con el Decreto de Expulsión de Carlos III.

Tras la expulsión de los Jesuitas el edificio fue de uso municipal varias década, una parte como escuela de niñas y otra como escuela de primeras letras y latinidad.