El Colegio de San Bartolomé, llamado también Colegio Viejo o Colegio de Anaya, fue fundado en 1401 por Diego de Anaya Maldonado (1357-1437) obispo de Salamanca, consejero real y embajador de Juan I y Enrique III de Castilla, en el seno de la Universidad de Salamanca. Es uno de los primeros colegios peninsulares y el primero de los colegios mayores de la universidad salmantina, modelo para los otros tres surgidos en su seno: el Colegio de Cuenca (1500), el del Salvador o de Oviedo (1517) y el Colegio Mayor de Santiago el Zebedeo fundado por el arzobispo Fonseca (1521). Su importancia fue capital en el plano intelectual, proporcionando figuras destacadas para la Iglesia y la Monarquía, cardenales, oidores, consejeros, embajadores y santos. Fue, según recogen P. Cañamero y E. Domínguez de Giner de los Ríos "el centro educativo de la época de la más brillante historia pedagógica en toda Europa".

Diego de Anaya dotó a la institución con distintas rentas provenientes de su patrimonio personal, estableciendo en sus Constituciones diecisiete becas, diez de ellas para estudiantes de Derecho canónico y civil, cinco para estudiantes de Teología, y dos llamadas "de capellanes" que debían ser ocupadas por sacerdotes, pudiendo estos últimos estudiar cualquier disciplina de su elección. Estas becas estaban destinadas a estudiantes pobres, que debían demostrar así mismo limpieza de sangre, es decir, informar que no había ascendencia judía en al menos las tres últimas generaciones de su familia, como era usual en otras instituciones de principios de la Edad Moderna, afectadas por los Estatutos de Limpieza destinados a evitar el criptojudaísmo. Debían también demostrar cualidades morales y cierta capacidad física. Esta condición de pobreza se mantuvo durante toda su existencia, si bien con el tiempo se permitió el acceso de segundones de familias ilustres.

Como otros colegios vive su decadencia en la segunda mitad del siglo XVIII con la continua transgresión de sus estatutos. Fue suprimido en 1798 a causa de la reforma ilustrada de los colegios mayores, intentándose una refundación en 1840 como Colegio Científico, con otro carácter. Su sede fue entonces utilizada en la ampliación de la universidad para ubicar la Facultad de Filología. Tras la Guerra Civil, el decreto de 19 de febrero de 1942 restaura los Colegios Mayores con la intención de renovar la antigua tradición universitaria española. En esa misma fecha se restaura el colegio al que la Universidad de Salamanca reconoció el estatus de colegio mayor en 2011.