Tras la decisión de la Convención Nacional de suprimir todas las universidades de Francia el 15 septiembre de 1793, las puertas de la antigua Universidad de Montpellier cerraron sus puertas, pero por poco tiempo.Un año más tarde, el 4 de diciembre de 1794, se creaba una Escuela de Salud para la enseñanza médica y quirúrgica, que se instaló al año siguiente en las dependencias de un antiguo monasterio benedictino situado junto a la catedral.

Gracias al decreto napoleónico de marzo de 1808 por el que se restablecían algunos centros de enseñanza superior, en 1809 se crearon la Facultad de Ciencias, con cátedras de matemáticas, astronomía, física, química, zoología, botánica y mineralogía, y la de Letras, aunque esta última tuvo que cerrar en 1816 por motivos pecuniarios y no se reabrió hasta 1838. En cuanto a la de Derecho, hubo que esperar a 1878 para verla renacer. Un siglo más tarde, gracias a la ley de 10 de julio de 1896 por la que se restablecían las universidades, la Universidad de Montepellier volvió a resurgir de sus cenizas: se le concedió oficialmente el título de universidad y se convirtió en uno de los centros universitarios más grandes e importantes de Francia.

Un nuevo periodo de los estudios universitarios se abrió en Montpellier como consecuencia de la aplicación de la conocida como Ley Fauré, la ley n°68-978 de 12 de noviembre de 1968 de orientación de la enseñanza superior. Las antiguas facultades se agruparon en tres universidades:

- Montpellier I (que acoge medicina; odontología; farmacia; ciencias del deporte; derecho y ciencias políticas; y administración y economía), con museos de anatomía, farmacia y de dibujos (este último, el Musée Atger, con la colección más importante en Francia después de la del Louvre) y dos sedes anejas en Nimes y Albaret-Sainte-Marie.

- Montpellier II (especializada en ciencias y educación), con un centro de biología marina en Sute, dos Institutos en Nimes y Béziers y ocho laboratorios asociados en varios países.

- Paul Valéry-Montpellier III (dedicada a las ciencias sociales, humanidades y artes), con su excepcional Musée des Moulages.

El año 2015 traería nuevos cambios: Montepellier 1 y Montpellier 2 se fusionaron como Universidad de Montpellier, mientras que Montpellier 3 permaneció independiente, pero manteniendo el nombre original. Esta última mantiene desde 2005 un convenio de colaboración con la Facultad de Teología Protestante de Montpellier (heredera de la Academia reformada de Montpellier, fundada en 1596).

Por sus aulas pasaron alumnos como Paul Valéry (1871-1945) y profesores de la talla de Antoine Louis Dugès (1797-1838), Joseph Diez Gergonne (1771-1859), Jacques-Philippe-Raymond Draparnaud (1772-1804), Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841), Jacques Mathieu Delpech (1777-1832), Jacques Curie (1855-1941), Alexander Grothendieck (1928-2014), entre otros.