Rafael Agustín Ayestas, nombrado rector del Seminario Conciliar de León (Nicaragua) en 1777, fue el principal promotor de la conversión de dicho seminario en universidad, pero murió en 1809 sin que viera la luz su apreciado proyecto. Este sería culminado por el recién nombrado obispo de Nicaragua, el dominico Nicolás García Jerez. Otro de sus promotores fue Tomás Ruiz Romero (1777-1819), primer indio centroamericano en ser ordenado sacerdote y en alcanzar el título de doctor, que había recibido formación en el Seminario de León.

El 10 de enero de 1812, las Cortes de Cádiz, mediante el decreto CXVI, ordenaron: "En el Seminario conciliar de Leon de Nicaragua se erigirá universidad con las mismas facultades de las demas de América", encargando al Consejo de Regencia la ordenación de los planes de estudio; se seguiría tanto lo establecido en las universidades de la Península como la solicitud e informe emitidos por el obispo de León. Un año más tarde, el 19 de agosto de 1813, las Cortes decretaron, entre otras cosas, que el nuevo centro universitario seguiría las constituciones de la Universidad de Guatemala, que el obispo y el jefe político del partido nombrarían un rector de entre los doctores que vivían en la ciudad y que como cancelario se nombrara al maestrescuela de la catedral, y que este junto con el rector eligieran secretario, consiliarios y otros cargos para su servicio cotidiano. La real cédula que autorizaba la fundación fue expedida por Fernando VII el 5 de mayo de 1815.

La nueva universidad, que recibió el nombre de Real Universidad de la Inmaculada Concepción de León y el lema Sic itur ad astra, inició su andadura en agosto de 1816 en el mismo edificio del Seminario, pasando en 1899 a ocupar el antiguo convento de la Merced. Fue su primer rector Francisco Ayerdi Zárate (1765-1827) y Juan José Zelaya el primer cancelario. En un principio contaba con cuatro cátedras -Teología, Leyes, Cánones y Medicina, ampliándose el número hasta once con el paso de los años.

En 1880 se llevó a cabo una reestructuración de la Universidad basada en el modelo francés o napoleónico, pero hasta 1921 siguió rigiéndose por las constituciones de la Universidad de Guatemala. El 22 de marzo de 1947 adquirió el rango de Universidad Nacional, pasando a depender directamente del Ministerio de Educación Nacional y a llamarse Universidad Nacional de Nicaragua. Alcanzó la autonomía en 1958, momento en que pasó a denominarse Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (UNAM) y asumió el lema A la Libertad por la Universidad.