Se crea por Real Decreto de 5 de febrero de 1625. Su Finalidad principal será impedir que prodigaran mercedes dadas a personas que no se las merecieran, lo que provocaba graves gastos a la Corona. Se tataba de asegurar la mayor transparecia posible en la concesión de mercedes, evitando al mismo tiempo conceder más de una merced por el mismo servicio a través de dos o más organismos distintos. Por Real Cedúla de 25 de julio del mismo año se comunicaba a los virreyes y gobernadores de indias idéntica obligación. Al frente de la Secretaría de Registro estvo el mismo secretaría de la Cámara Real y estaba ubicada físicamente en el palacio, con la mayoría de los consejos

La Secretaría desaparece por primera vez el 12 de octubre de 1644 y la segunda y definitiva el 29 de diciembre de 1691, depositandose los papeles de la secretaría en la Real Cámara de Palacio. Nuevamente renacería esta en el siglo XVIII en octubre de 1706 para desaparecer por Real Decreto de 19 de mayo de 1716, pasando su documentación a la Contaduría de la Real Hacienda, la cual pasaba a ejercer sus funciones.