La iglesia de San Esteban es una de las más iglesias más relevantes de la Edad Media en Burgos. Una bula del papa Alejandro III del año 1163 dirigida al obispo Pedro Pérez, enumera once iglesias propiedad del Obispado, entre las cuales figura una dedicada a San Esteban, primer mártir cristiano, construída en estilo románico en la ciudad de Burgos. El actual templo gótico, posiblemente erigido sobre el anterior, comienza su construcción en 1288. En fecha coetánea a la catedral se levanta así una impresionante arquitectura gótica en la parte alta de la ciudad, junto al castillo, que queda concluida en su primera fase a principios del siglo XIV. En su entorno se organizará la colación o barrio de San Esteban, uno de los núcleos de la vida urbana medieval burgalesa, en el que tenía lugar el llamado Mercado menor.

Debido a su proximidad al castillo, el edificio fue dañado durante la Guerra de Sucesión Castellana entre los años 1475-1476, abordándose a finales de ese mismo siglo una importante reconstrucción, incluyendo la restauración del rosetón del pórtico. En la primera mitad del siglo XVI continúan las intervenciones de la mano de arquitectos como Simón de Colonia, Nicolás de Vergara o Juan de Castañeda. Durante la invasión francesa, fue nuevamente dañada a causa de la voladura del castillo en 1813. En 1868 debido a la ruina a la que le avocaron los acontecimientos del siglo XIX, la parroquia de San Esteban fue trasladada a la cercana Iglesia de San Nicolás de Bari.

El edificio fue declarado Monumento Histórico-artítico en 1931. Actualmente la iglesia ha sido objeto de restauración y es sede del Museo del Retablo, propiedad de la Archidiócesis de Burgos, inaugurado en el año 2013.

La Iglesia de San Esteban generó un magnífico fondo de archivo de más de 6 000 documentos datados entre 1288 y el siglo XX, conservado en el Archivo Diocesano de Burgos, que ha sido objeto de estudio diplomático y archivístico por Esther Pardiñas de Juana, en una tesis doctoral leída en la Universidad de Burgos en el año 2005.