La aportación más trascendental desde el punto de vista institucional de la ocupación francesa en España entre 1808 y 1814 es la implantación de la estructura ministerial, que sentará las bases para la progresiva desaparición del complejo sistema polisinodial de los consejos. El propio José I firmó en enero de 1809 desde Burgos el decreto de supresión del Consejo de Castilla, que sería restablecido en 1814 tras la vuelta de Fernando VII. La Constitución de Bayona de julio de 1808 ya contemplaba la creación de los ministerios de Negocios Extranjeros, Justicia, Negocios Eclesiásticos, Hacienda, Guerra, Marina, Indias, Interior y Policía General. Pero no será hasta el 7 de febrero de 1809, después de la segunda entrada en Madrid de José Bonaparte, cuando este firmaría el Real Decreto sobre organización y atribuciones de los Ministerios.

Este Real Decreto encarga al Ministerio de Cultos o Negocios Eclesiásticos las siguientes competencias: los proyectos relativos al ejercicio de la religión; el examen de todos los rescriptos, bulas y breves de la Corte Romana antes de que se publiquen en el reino; la expedición de reglamentos y órdenes para el pago de los ministros del culto, asalariados por el Estado; los proyectos para la demarcación de parroquias y ayudas de parroquia; los asuntos concernientes a los seminarios, a todas las comunidades religiosas y a las casas de caridad; todo lo relativo a fábricas de las iglesias, aceptación de las fundaciones y obras pías, establecimiento de seminarios, ordenaciones, precedencias que se hayan de observar en las iglesias y temporalidades.

Este fondo llegó al Archivo Histórico Nacional (Madrid) junto con la documentación del Consejo de Castilla. Es de suponer que, dado que los ministerios establecidos por José I absorbieron -entre 1809 y 1814, en la zona dominada por su gobierno- la potestad administrativa y política que detentaba hasta entonces el Consejo de Castilla, al desaparecer en 1814 los ministerios y ser el Consejo de Castilla restablecido por Fernando VII, la documentación generada por los ministerios josefistas volvieran a dicho consejo, y fuera esta la razón de estar instalados en la misma sede.