El día de San Clemente 1248 entró en Sevilla el rey Fernando III tras haber reconquistado la ciudad. Ese día, 23 de noviembre, siempre había sido una fecha significativa para el monarca por lo que para conmemorarla y celebrar la vuelta de los cristianos a la ciudad promueve la fundación de un monasterio que desde el inicio se entrega a la orden del cister.

Se retrasaría la fundación algunos años debido a la complejidad de la organización de las nuevas estructuras de la ciudad pero, finalmente, y gracias al apoyo de Alfonso X, hijo del rey Fernando, y del primer obispo de Sevilla, don Remondo, se abre la nueva casa en 1284.

La importancia que llegaría a cobrar este cenobio se explica mediante esa influencia y apoyo de las grandes instituciones como la iglesia y la propia corona castellana. Convertirían al monasterio en panteon real en el que se enterrarían, por ejemplo, Berenguela, hija de Alfonso X así como otras infantas y madres de reyes de la época.

Gracias a esto el convento llegaría a contar con más de ciento veinte religiosas a principios del siglo XVI. Sus numerosas rentas y posesiones les permitían poco más que mantener a la comunidad lo que fue generando cierto abandono en el edificio debido a la imposibilidad económica para invertir en ampliaciones o restauraciones.

La situación se agravaría en diversas épocas de crisis o incluso de peste en el siglo XVII que hicieron que la ciudad quedara practicamente vacía con lo que la comunidad perdía gran parte de sus ingresos.

Se mantendrían gracias los réditos que les proporcionaban sus posesiones agrícolas y a las importantes y elevadas dotes de las mujeres de la nobleza que ingresaban en el convento.

A mediados del siglo XVIII, cuando se realiza el Catastro de Ensenada, San Clemente aparece como propietario de casi doscientas casas en Sevilla, 4.474 fanegas de tierra de cereal y una rentabilidad de las posesiones territoriales de 261.251 reales. Cifras que la sitúan todavía como un monasterio económicamente muy potente.

Llegado el siglo XIX sufren una nueva etapa de dificultades. La Guerra de Independencia les obliga a abandonar la casa en 1811, la unica ocasión en que lo harían a lo largo de sus siete siglos de historia. Regresan en 1813 obligadas a hacerse cargo de los elevados gastos de restauración provocados por el estado en el que las tropas francesas dejan el edificio.

Poco después sufrieron el proceso de desamortización de Mendizabal. No perdieron la propiedad ni se presiona para la disolución de la comunidad pero la mayoría de sus bienes pasan a posesión estatal.

Como consecuencia de este proceso las monjas de San Clemente llegarían a pedir licencia en 1882 para abrir una escuela de niñas. No hay constancia de si se llevó a cabo el proyecto pero explica la nueva situación de crisis económica en la que se encuentran.

En el siglo XX, ya en el último cuarto, llega al monasterio una nueva abadesa que logró dar un nuevo enfoque a la comunidad y a su patrimonio. Lograría nuevos apoyos de instituciones públicas y privadas y supo aprovechar las circunstancias para sacar adelante a la comunidad.

En los años 80 reciben finaciación de la Junta de Andalucía para comenzar a organizar su archivo y colaboraron con la Expo 92 convirtiéndose en pabellón del evento logrando así que se llevaran a cabo importantes tareas de restauración en el edificio.

De diferentes fundaciones privadas obtuvieron fondos para finalizar el inventario del archivo y organizar la biblioteca. En la atualidad trabajan para inventariar y seguir restaurando el patrimonio del monasterio.

Gracias a la adaptación a las diferentes épocas, el monasterio de San Clemente ha logrado subistir y mantener el pestigio del que gozó desde su fundación.