En 1937 se creó la Oficina de Investigación y Propaganda Anticomunista (OIPA), por Orden de 20 de abril, y la Delegación Nacional de Asuntos Especiales, por otra del 29 de mayo. La primera tenía claramente unos fines contrapropagandísticos, mientras que la segunda centraba sus actividades en los asuntos referentes a las sectas secretas, cuya documentación debía recoger para crear un archivo que permitiera "conocer, desenmascarar y sancionar a los enemigos de la Patria".

Unos meses más tarde, en junio y a partir de la toma de Bilbao, se organiza la "recuperación de documentos" nombrando un jefe de requisa, y constituyendo el 14 de julio un servicio de recuperación de documentos pertenecientes al enemigo que actuaría en los territorios que iba ocupando el Ejército nacionalista, al cual se le dio rango administrativo cuando por Decreto de 26 de abril de 1938 se crea la Delegación del Estado para Recuperación de Documentos.

Esta Delegación y la de Asuntos Especiales, creadas en un corto periodo de tiempo con una finalidad similar, tendieron a fusionarse unas veces de hecho y otras de derecho, quedando bajo la dependencia de una misma persona, Marcelino de Ulibarri y Eguilaz, que también encabezará el organismo que en 1944 las reúne formalmente dentro de la Presidencia del Gobierno, la Delegación Nacional de Servicios Documentales. Su función seguirá siendo la misma: facilitar al Estado cuantos antecedentes se le soliciten sobre las personas que se encontraban en los documentos de su archivo, continuando con la selección y el tratamiento de documentos incautados en territorio republicano para con ellos realizar tareas de contrapropaganda e información, ligadas a la represión de los elementos disidentes del régimen implantado tras la finalización del conflicto bélico.

Con la muerte de Francisco Franco comienza un nuevo periodo de transición a un sistema democrático durante el cual desapareció toda una serie de organismos y unidades administrativas que como los servicios documentales dejaban de tener sentido, y así se hizo en la reestructuración de la Presidencia del Gobierno en 1977, integrándose su archivo en el recién creado Ministerio de Cultura, con el que en 1979 se forma una división independiente del Archivo Histórico Nacional que más tarde se denominó "Sección Guerra Civil", con sede en Salamanca.