La aportación más trascendental desde el punto de vista institucional de la ocupación francesa en España entre 1808 y 1814 es la implantación de la estructura ministerial, que sentará las bases para la progresiva desaparición del complejo sistema polisinodial de los consejos. El propio José I firmó en enero de 1809 desde Burgos el decreto de supresión del Consejo de Castilla, que sería restablecido en 1814 tras la vuelta de Fernando VII. La Constitución de Bayona de julio de 1808 ya contemplaba la creación de los ministerios de Negocios Extranjeros, Justicia, Negocios Eclesiásticos, Hacienda, Guerra, Marina, Indias, Interior y Policía General. Pero no será hasta el 7 de febrero de 1809, después de la segunda entrada en Madrid de José Bonaparte, cuando este firmaría el Real Decreto sobre organización y atribuciones de los Ministerios.

El Ministerio de Negocios Extranjeros creado por José I tenía como función la de atender y coordinar la diplomacia, dejando la dirección efectiva de la política exterior en manos del propio rey. Las competencias del ministerio son las siguientes:

-La observancia y ejecución de las convenciones y tratados de política y comercio con todas las naciones aliadas.

-La propuesta de todos los pretendientes y sujetos aptos para los empleos de embajadores, ministros, presidentes, agentes diplomáticos y de comercio.

-La correspondencia con todos los ministros, cónsules, agentes, etc., bien fueran del rey de España o de las potencias extranjeras.

-La intervención en todo lo contencioso relativo a las presas marítimas, dando de todo ello cuenta oportuna al monarca.

-El despacho de los pasaportes de los ministros y agentes diplomáticos, tanto nacionales como extranjeros, precediendo para éstos la petición de los embajadores o ministros de su nación, y dando aviso de aquéllos que juzgare conveniente al ministro de Policía.

-Finalmente, el arreglo, según las órdenes regias, de todo lo relativo con las potencias extranjeras.

Este fondo llegó al Archivo Histórico Nacional (Madrid) junto con la documentación del Consejo de Castilla. Es de suponer que, dado que los ministerios establecidos por José I absorbieron -entre 1809 y 1814, en la zona dominada por su gobierno- la potestad administrativa y política que detentaba hasta entonces el Consejo de Castilla, al desaparecer en 1814 los ministerios y ser el Consejo de Castilla restablecido por Fernando VII, la documentación generada por los ministerios josefistas volvieran a dicho consejo, y fuera esta la razón de estar instalados en la misma sede.