El capitán general era cabeza de la administración que detentaba el mando militar político. Con el advenimiento de la primera audiencia y luego con la instauración del virreinato en tierra firme, las capitanías generales, en tanto que entes de administración total, se fueron instalando en la periferia geográfica de las colonias para gobernar y defender los nuevos territorios de frontera. Tras la conquista de Filipinas en 1565, el territorio fue declarado Gobernación y Capitanía General dependiente del Virreinato de Nueva España en 1574. En 1584 se creó la Audiencia de Manila, que se encargaba de la Capitanía cuando ésta quedaba vacante; el Capitán General era también Gobernador y Presidente de la Real Audiencia (hasta 1861). Hasta 1822, hubo Capitanes Generales civiles, pero a partir de este año fueron siempre militares. A lolargo de la segunda mitad del siglo XIX, se establecieron los Gobiernos y Comandancias Militares, muy numerosos dado el elevado número de islas y la extensión del Distrito. Tras un largo período de insurrección de las población local, el dominio español en Filipinas llegó a su fin tras una corta campaña contra los Estados Unidos de América en 1898.

Por Real Orden del Ministerio de Marina de 21-1-1899, se entregan al Archivo los papeles procedentes de Cuba, Puerto Rico y Filipinas que se habían repatriado ese mismo año. Este fondo se custodia en la sección de Ultramar del Archivo Histórico Nacional.