El Colegio jesuita de San Ildefonso, extramuros de Manila y su iglesia de Santa Cruz forman parte de estas construcciones religiosas que se desarrollaron en los arrabales de la capital del archipiélago durante la presencia española. Alrededor de 1571 parece ser que, los jesuitas habían recibido la administración de la zona de Meyhaligue y Santa Cruz, barrio cercano a Manila, lo que se reducía a un pequeño asentamiento en las riveras del rio Pasig. Los jesuitas construyeron una primera iglesia, de materiales pobres, en 1619, teniendo como devoción la Virgen del Pilar, principal a partir de 1643, cuando llegó la imagen desde España. La iglesia en piedra no se construiría hasta 1668. En 1625 el provincial de la Compañía había trasladado la residencia habitual a San Ildefonso dejando su anterior sede en Intramuros, distrito amurallado, de la actual ciudad de Manila. De esta manera controlaban una zona más populosa, de gran diversidad étnica y de potencial desarrollo económico. El solar donde más tarde fundarían el convento asociado al colegio, fue adquirido de manos del presbítero Juan de Aranguren por la Compañía, representada por el hermano Pedro Martínez, el 15 de octubre de 1622 en 225 pesos. Durante gran parte del siglo XVII, el convento se afanó en la compra de tierras de labor y casas. Algunos historiadores apuntan a la primera mitad del S.XVII, al momento de fundación del colegio, aunque aportan distintas fechas. Este colegio no sólo se crearía para la formación de trabajadores extranjeros y la población que lo requiriera, sino que funcionó como casa profesa. Los datos sobre la fundación y desarrollo del Colegio son muy pobres. Este establecimiento religioso cesaría su actividad, desalojándose colegio y convento como consecuencia de la Pragmática Sanción de Carlos III, ordenando la expulsión de la Orden Jesuita del territorio español y de sus posesiones en ultramar.