Según Julio Caro Baroja Labastida se fundó como Villa entre el siglo XII y el XIV de la mano de los monarcas navarros. Labastida continúa bajo la tutela de los monarcas navarros hasta el siglo XIII. Sancho ""El sabio"" fundó el templo-fortaleza hoy conocido como la ermita del Santo Cristo. Pasó de pertenecer a Navarra a serlo de Castilla hacia 1.200 como consecuencia de las invasiones castellanas bajo Alfonso VIII por tierras navarras y alavesas. Fernando III concedió el Fuero de la Bastida en 1.242. En 1.379 Enrique II de Castilla donó a Diego Gómez Sarmiento la villa de Labastida la cual tras haber sido durante siglos villa de realengo pasó a ser ""señorío"". Los primeros años de la Edad Moderna bastidarra van a estar marcados por el ingreso de Labastida en las tierras de Álava y la sucesión del dominio de la Villa por parte del ducado de Híjar.entro a formar parte en Las Cuadrillas en las cuales se distribuyen las Hermandades pasó por diferentes Cuadrillas acabando en 1.567 en la cuarta Cuadrilla.En el siglo XVII Labastida va a disfrutar de los años más relevantes y gloriosos de su existencia, comienza en 1.602 con la inauguración de la Iglesia parroquial Nuestra Señora de la Asunción, en 1.606 se trasladan a la Villa las reliquias de los Santos Mártires de Cárdena.

Es una época marcada por el desarrollo económico de la Villa; se mejoran los accesos, se empedran calles y plazas, se construyen fuentes, se adereza el reloj , se reparan arcos, se hace molino nuevo, se crea un mercado en la plaza...; que es un reflejo de la sociedad española de la época: clasista y presuntuosa. En el siglo XVIII tras la ""Guerra de Sucesión"" y la instauración de la casa de Borbón en España, Labastida continúa su época de esplendor y se recrea con sus obras y embellecimiento: se construye la nueva sacristía, el Ayuntamiento, se arregla la plaza, la cárcel , el arco de Larrazuría... A finales del siglo se inicia el principio del declinar bastidiense influenciado por la lucha contra la Revolución francesa de la sociedad española.En el siglo XIX la Villa sufre una progresiva y profunda decadencia influenciada por la hegemonía francesa en Europa por tierra, el dominio marítimo inglés y por la guerra de la Independencia . Las arcas de la Villa van enflaqueciendo y la situación financiera se va minando por completo debido al descenso del precio de venta del vino y la manutención de la tropa francesa acantonada en Labastida durante la guerra de la Independencia. La Villa se ve obligada a vender mucho de su patrimonio, es la desamortización de 1.816.

En la primera guerra carlista (1.833-1.840) Labastida deja entrever su simpatía por el carlismo debido al poder del campesinado, lo cual va a traer funestas consecuencias para la Villa al final de la guerra, a lo cual se le unió un azote de peste y un saqueo de la Villa por los liberales.

En 1.855 sufrió la desamortización de Madoz afectando gravemente a la institución eclesiástica. En 1.870 vuelve a sufrir la tercera guerra carlista y tras ella una plagaen los viñedos conocida como filoxera que les arruinó y comenzó la emigración. A final del siglo la economía descendió en proporciones alarmantes ofreciendo Labastida una imagen de pueblo hacinado y moribundo. El siglo XX empezó como acabó el XIX, las cosechas destruidas por la filoxera, se arranca el viñedo y se dedican parte de sus fincas al cereal, los jóvenes se van a las ciudades industriales y la población desciende. En la guerra civil Labastida se decanta a favor de Franco por lo cual estuvo tomada por tropas italianas aliadas con Franco.

El despertar de Labastida surgió con el turismo lo cual influyó en el sector servicios, hizo desaparecer la ganadería y apareció la moderna maquinaria agrícola. En las últimas décadas el sector del vino ha adquirido gran importancia económica.