Creado en 1555 por Carlos V para ocuparse de los negocios de Nápoles, Sicilia y Milán, en los que antes había entendido el Consejo de Aragón. Del año 1559 datan las primeras Instrucciones de Felipe II en las que por fin queda formalizado el nuevo organismo, separando en modo definitivo los asuntos italianos que habrían de competer al Consejo, tanto de los reinos aragoneses como de los asuntos de Estado. Será otra instrucción completa, dada en 1579 (El Pardo, 20 de octubre) la que estructure la composición interna del Consejo y lo dote de unos procedimientos y competencias específicos.

El Consejo de Italia queda así definido como el órgano exclusivo en la dirección de la administración y gobierno de los reinos de Nápoles y Sicilia y del ducado de Milán, quedando en manos del Consejo de Estado todo lo relativo a la defensa y asuntos exteriores en estos territorios.

En 1705 el Consejo amplía su competencia a Cerdeña, pero la pérdida de los dominios italianos tras los tratados de Utrecht (1713) y Rastadt (1714) hace inútil su permanencia. Fue disuelto el 1 de mayo de 1717.

La composición interna del consejo se fijó con carácter estable en la Instrucción de 1579. A la cabeza se situaba el presidente, sustituido en ausencias o interinidades por un gobernador. La actividad consiliar descansaba en seis consejeros o regentes, letrados, dos por cada territorio, uno español y otro italiano, y un secretario ayudado en sus funciones por tres oficiales, uno por cada territorio. Completaba la plantilla el conservador general del patrimonio de Italia, el tesorero general de la Corona de Aragón, el escribano de cámara, un abogado fiscal, alguaciles, porteros, capellán, aposentador y pagador.

La secretaría inicial se divide en tres, una por cada territorio administrado: Nápoles, Sicilia y Milán por nueva instrucción dada en Madrid el 28 de junio de 1595. De los tres era el secretario de Nápoles quien gozaba de cierta preeminencia seguido del de Sicilia y Milán.

En la segunda mitad del siglo XVII el Consejo de Italia consigue tesorero propio así como un incremento de consejeros y cargos supernumerarios. Esta hipertrofia es paralela a su pérdida de decisión política.

La reforma de 1701 le devuelve su plantilla originaria. En 1705 se crea una cuarta secretaría encargada de los asuntos de Cerdeña. Tras la disolución del consejo en 1717 ésta quedó absorbida en el Consejo y Cámara de Castilla.

El fondo correspondiente al Consejo de Italia se conserva en el Archivo General de Simancas (Valladolid) y en el Archivo Histórico Nacional (Madrid).