Fundado por Marquesa Gil de Rada, dama de origen navarro, casada en segundas nupcias con Pedro Fernández de Híjar, hijo ilegítimo de Jaime I de Aragón. Con entidad canónica en Zaragoza desde el 13 de mayo de 1306, cuando se sancionó la elección de su primera priora, Teresa Gil. Se encuadra en la orden canonical del Santo Sepulcro de Jerusalén y se somete a la regla agustiniana. La casa se sitúa junto al Ebro, en la zona de la antigua muralla romana, junto a la universidad.

Durante los siglos XIV, XV y XVI desarrolla su actividad patrimonial y espiritual, incluyendo el patronato sobre la parroquia zaragozana de San Nicolás de Bari desde 1361.

A raíz de la reforma tridentina se inicia un periodo de inestabilidad institucional que culmina en 1615 con la imposición de la clausura a sus religiosas, y que tiene su episodio más sonado en el paseo, procesamiento y excomunión de las freilas rebeldes en 1573.

Con motivo de la Guerra de Independencia el monasterio fue abandonado en 1809 debido a los ataques de los franceses, que lo transformaron en cuartel. Las religiosas regresaron al convento en 1813. Con la Desamortización, parte del archivo conventual fue trasladado a San Juan de los Panetes y, posteriormente, al Archivo Histórico Nacional.

Después de la II Guerra Mundial los distintos prioratos femeninos de la Orden empiezan a buscar el camino para una organización jurídico-institucional, que se plasmó el 24 de marzo de 1975 en la Asociación de Canonesas del Santo Sepulcro.