Durante el siglo XVI el noviciado de la Compañía de Jesús correspondiente a la provincia jesuita de Aragón estuvo situado situado en distintos emplazamientos, alternando entre Valencia, Gandía y Zaragoza, hasta se fundó uno definitivo en Tarragona en el año 1575. Fue de capital importancia la figura de arzobispo de Tarragona, Gaspar Cervantes de Gaeta, para llevar a cabo la fundación. En 1573, Jaime Nebot, prior y canónigo, ofrece pagar 200 libras anuales para la construcción, asimismo el arzobispo Cervantes ofrece 12.000 libras para el mismo fin. Tras una reunión con Pedro Villalba, el provincial de la orden, éste se puso en contacto con el padre general Everardo Mercuriano, que accedió a la fundación.

En 1575 llegan los primeros padres que se alojan en el palacio arzobispal, para después mudarse a una casa en régimen de alquiler el 17 de agosto. Menos de un año más tarde, el 18 de abril de 1576, se colocó la primera piedra de la iglesia en unas terrenos adquiridos mediante compra. No obstante, la obra quedó paralizada durante unos años al estimar el padre general Mercuriano que no había fondos suficientes para realizarla. Se retomaron de nuevo en 1588, a raíz de la llegada al arzobispado de Juan Terés y Borrul, que contribuyó con 60 libras mensuales. En 1596 ya habitaban en la casa 36 jesuitas.

Tenemos que mencionar el Estudio Literario fundando por el arzobispo Cervantes, que dejó una donación de 16.000 libras para que se impartieran enseñanzas de Gramática, Artes y Teología. El estudio estaba situado en el edificio inmediato al noviciado y contó con la aprobación del papa Gregorio XIII el 28 de diciembre de 1574 y con la de Felipe II el 27 de noviembre de 1588. El estudio fue administrado al principio por el arzobispado de la ciudad, como dejó estipulado en su testamento el propio Cervantes, pero el 18 de noviembre de 1698 pasó a ser administrado por los jesuitas.

El fin del noviciado y colegio jesuita llega en 1767, cuando Carlos III decreta la expulsión de la orden. El noviciado de Tarragona fue escogido como depósito general, debido a su proximidad al puerto de Salou, en el que reunir a todos los jesuitas de la provincia de Aragón hasta que se hiciese efectiva su marcha. Los días 29 y 30 de abril se produjo el traslado de los jesuitas al puerto de Salou. Los edificios y demás propiedades quedaron en manos de la corona, para finalmente ser cedidos a los agustinos el 5 de diciembre de 1780, que refundaron el convento y el colegio, a los que colocaron bajo la advocación de los Santos Reyes, y la iglesia, que perdió su antigua advocación de la Epifanía para llamarse a partir de ahora iglesia de San Agustín.