Ostentó también el título de señor de Zubia, de la Taha de Orgiva y sus lugares y del de Busquistar. Sus padres fueron Pedro Fernández de Córdoba, VIII señor de Albendín, hijo de Diego Fernández de Córdoba, III conde de Cabra, y de Felipa Enríquez, hija de Francisco de Miranda Henriques, paje del rey de Portugal, Alfonso V, comendador de Elvas de la orden de Santiago. Casado con Francisca Fernández de Córdoba Zapata, su prima hermana, hija de Gabriel Fernández de Córdoba, tío de su marido, y señor de parte de Albendín junto con la otra parte que su hermano Diego luego cedió a su hijo. Al casarse con Francisca ambas parte se unieron con este matrimonio. Hijos: 1º Pedro, que murió niño, 2º Juan, futuro X señor de Albendín, Zubia y las Guájaras, entre otras. 3º Felipa, que murió soltera, 4º Luisa, murió de niña. Además como hijos naturales tuvo a: 5º Francisco, abad de Rute, y racionero de la Santa Iglesia de Córdoba, 6 Mariana y 7 Pedro, moje del monasterio de San Jerónimo de Granada. Fue menino de Felipe II, gentilhombre de boca del príncipe Carlos, del Consejo de SM, embajador a la República de Génova, general de la caballería, primer Alférez mayor perpetuo de Granada (Madrid 14.11.1566), caballero de Santiago, comendador de Montiel y la Osa, después comendador de Villanueva de la Fuente, (21.4.1571), corregidor de Toledo (1592), patrono del convento de Nuestra Señora de Guadalupe de la Orden de los Predicadores de Baena.