Marqués desde la muerte de su padre en 1795. Nació en Talavera de la Reina (Toledo) el 2 de enero de 1762. Ostentó además los títulos de VIII conde de Alba de Yeltes y de Villalobos, VIII marqués de Almarza y XIV de Flores Dávila, heredados por su padre, y los de conde de Oliva de Gaitán, de Foncalada y de Fuenrubia, por su madre, así como el de conde de Casasola del Campo y el de Peñalva. Sus padres fueron Manuel Vicente de Aguilera Moctezuma y María Cayetana de Galarza Brizuela. Casado en Madrid, el 22 de abril de 1780, con María Josefa Ruiz de Contreras, condesa de la Alcudia. Hijos: 1º Manuel, futuro XIV marqués, 2º Fernando, futuro XV marqués, y 3º José, futuro XVI marqués. Manuel Isidoro fallece en Valencia el 3 de diciembre de 1802.