Era hija única de Juan Álvarez Zapata, también llamado Juan de Bustamante de Aguayo, veinticuatro de Granada, I señor de las Guájaras, y de Leonor de Mendoza, hija única de Pedro Hurtado de Mendoza, Adelantado de Cazorla, señor de Tamajón, Serracines, Palazuelos y Algecilla, hermano del I duque del Infantado, y de Juana de Valencia, su segunda mujer. Se casó en Granada con Gabriel Fernández de Córdoba, hijo de Diego Fernández de Córdoba, III conde de Cabra, su sobrino. Hijos: 1º Francisca de Córdoba Zapata, III señora de las Guájaras, casada con Luis Fernández de Córdoba, señor de Albendín, Zubia y Orgiva.